从以上高校管理过程中存在的突出问题及结合近年来高校被诉的案件的情况，可以看出目前我国高校管理中普遍存在两个问题。
1．由于计划经济年代行政管理的思维尚未改变，直到目前为止，相当一部分高校的工作人员在对待学生管理的问题上往往将学生当成受教育的客体，根本不尊重学生的权利与人格。例如报载某位同学在毕业时学校拒不发给其毕业证与学位证，理由是他曾经考试作弊已被取消学籍。当这位同学四处申诉，在国家教委为此专门给该校发文，指出其对该生处分不当之处的情况下，该校的某位负责人却坚持说解决问题的唯一办法是该生必须回去参加高考，只要考上，学校马上就颁发毕业证和学位证给他。我实在不知道这位负责人说这话的目的和法律依据是什么？但从语气与内容上来看，其完全不是一种平等的姿态，从中完成可以看到计划经济年代某些行政官员的作风。
另外，高校在管理过程中中往往还缺乏程序观念，例如田永诉北京科技大学案中，学校当初对田永的处分决定并未直接送到田永的手中，亦未告知其申辩、申诉的权利。再如黄渊虎诉武汉大学案中，当初武汉大学因黄政审不合格作出不予录取让其跟读的决定时，亦并未告知黄申辩、申诉的权利和途径，也未告知其“跟读”的具体含义。而且，既然田永当初已被“取消”了学籍、黄渊虎并未“取得”学籍，那么学校就不应该让他们一直在学校读到毕业，因为可以预料的是，在这种情况下，毕业时发生矛盾是不可避免的。因此，北京科技大学对田永处分的程序，直接违反了《
普通高等学校学生管理规定》第
64条的“处分要适当，处理结论要同本人见面，允许本人申辩、申诉和保留不同意见。对于本人的申诉，学校有责任进行复查”的规定。而武汉大学对待黄渊虎问题上亦违反了“正当的法律程序”。
此外，还值得一提的是，高校在诉讼中，往往缺乏证据意识，例如在田永诉北京科技大学案中，北京科技大学在庭审中才提供了其自行调取的有关老师的证言、考试成绩单、学生登记卡等证据，因违反了
行政诉讼法中的被告不得在诉讼中自行向原告和证人取证的法律规定，故法院对之未予采纳。而在黄渊虎诉武汉大学案中，武汉大学庭审中也没有提供对黄渊虎进行政审的记录、决议、及政审后的通报过程等证据。
2．高校管理过程中普遍存在的另一个问题是缺乏透明度，例如在学位评定、职称评定、研究生导师评定、处分学生、招生等普遍缺乏透明度。尤其是招生方面，透明度更低。现在高考录取招生，一般采用网上录取的方式，减少了腐败的机会。但对于研究生招生，按照《
高等教育法》第
19条的规定，硕士、博士、研究生取得入学资格所要求的是 “经考试合格”。这里其规定的是“合格标准”，但对于有数个上了分数线的“合格者”是否必须按名次录取的问题却没有规定。于是，便出现了在考研、尤其是考博时，同导师的“关系”极为重要的情况。甚至圈内人都知道一个公开的秘密：考博一是考外语；二是考“关系”。而且对考研、考博的考生来讲，因往往只能查到自己的成绩，根本不知道别人的成绩和自己考试成绩在其中的排名情况，权利被侵犯了往往自己还蒙在鼓里。由此带来一个思考是：硕导、博导招收弟子涉及到学术传承的问题，从这一点上来讲当然希望招收那些在性情、品性甚至文风上与自己相投的弟子。但问题是，这毕竟不是自己私人开馆招生，研究生招生属国家教育体制序列，研究生培养占用的是国家的资源，因此，对所有的考生来讲，机会应该是平等的，应择优录取。怎样在导师的喜好与择优录取方面平衡值得进一步研究。其实对研究生招生来说，在这种情况下，往往更多的是由导师的良心来决定的。但不管怎样，录取的过程应该是透明的。
