目前数量众多的卫生法律法规都规定，卫生行政机关对于相对人拒不履行行政决定的，可申请人民法院强制执行。从表面上看，这是卫生行政机关在重大权益问题上尊重司法权的表现。即行政决定的执行涉及相对人重要权利，不能由卫生行政机关随意行使，必须申请法院予以执行。但事实上，这种规定并没有达到预想的效果。一方面，法院面对大量行政强制执行案，在人力物力严重不足情况下，往住不是草率行事，就是束手无策；另一方面，由于行政机关对大量行政决定没有执行权，申请法院执行又耗费时间，严重影响了行政效率。
由于立法的原因，目前我国卫生行政机关和法院在行政强制执行权限的划分问题上缺乏统一标准和界限。很多卫生行政机关因没有法定强制执行权而不得不申请法院强制执行，大量的申请执行案件不仅影响了行政效率而且也增加了法院负担。
法院由于仅进行审查而不进行实质审查，使得很多申请执行案的审查流于形式，法院成了卫生行政机关的执行工具。更有甚者，行政机关与法院“联手”设立派出法庭、巡回法庭等机构，法院出名义，行政机关出钱出办公设施，共同进行强制执行，以至于分不清哪些是行政职能，哪些是司法职能。这些现象说明，把所有行政行为的执行权归诸法院显然是一种简单化的处理办法，不仅难以保障行政行为执行的公正与效率，而且也与法院专事司法、居中裁判的地位不符。同样，行政机关自行强制所有决定的设想有违行政权与执行权相分离，强制执行须取得法律特别授权的大趋势，在目前我国行政机关独立，自行执行力量极不均衡的条件下，这种做法也不足取。
(四) 卫生行政机关请求其他机关协助执行的难度很大。
行政机关只能就本辖区内由自己管理的事务作出具体决定，而且每个机关的执行手段都是特定的，这样原决定机关往往必须请求其他机关协助才能实现其管理目的。但是我国立法中规定协助执行的条款屈指可数，实践中又难以执行。特别是涉及银行、工商、物价等部门的强制执行中。要求有权机关或单位协助执行非常困难。如卫生部门作出的罚款决定，在相对人拒不履行的情况下，只能请求银行强制划拨或冻结存款，而银行因业务或信誉关系不愿协助执行，卫生部门便无能为力了。又如卫生部门在执行处罚过程中，如遇到抗拒，需请求公安部门予以协助，这类请求往住不易得到满足。所以，通过立法明确规定卫生行政强制执行的协助机关、单位是必要的。
鉴于存在以上问题，通过立法明确卫生行政机关的强制执行权，划分法院与卫生行政机关执行权限非常必要。《
行政诉讼法》第
六十六条赋予行政机关依法强制执行权，即对于法律、法规没有规定须向法院申请强制执行的，行政机关可以自己执行。今后，尚须由统一的强制执行法进一步明确划分法院与行政机关的强制执行权限。以保证所有行政决定都能得到及时执行。同时也应对协助执行、委托执行等问题作出明确规定。
