通过司法途径解决医疗事故时，鉴定启动权就发生了变化。我国的诉讼法中，对鉴定的启动有不同的规定。《
民事诉讼法》第
72条规定“人民法院对专门性问题认为需要鉴定的，应当交由法定鉴定部门鉴定；没有法定鉴定部门的，由人民法院指定的鉴定部门鉴定”；《
行政诉讼法》第
35条也有类似规定，可见，
民事诉讼法以及
行政诉讼法将鉴定启动权赋予了人民法院。《
刑事诉讼法》第
119条规定“需要解决案件中某些专门性问题的时候，应当指派、聘请有专门知识的人进行鉴定”，但又没有明文规定到底谁有权“指派、聘请有关专门知识的人进行鉴定”，实际工作中，多为公安、检察和法院部门。可见我国医疗事故的鉴定启动权在很大程度上掌握在法院、检察院和公安部门手中。尽管
刑事诉讼法的规定，只是说明当事人和辩护人、诉讼代理人享有申请鉴定的权利。但申请鉴定不是聘请鉴定，更不是决定鉴定。法庭掌握着最终决定权，“法庭对于上述申请，应当作出是否同意的决定”。如果法庭作出否决的决定，则当事人只能服从，而不能自己聘请鉴定人并要求法庭予以传唤，也不能向其他有关部门提出疑义或申请司法救济 。若由于人民法院工作的疏露，该鉴定的没有进行鉴定，则会使当事人的权利受到侵犯。
英美法系国家对应其对抗式的诉讼制度，一般由控辩双方当事人或其法定代理人直接启动鉴定程序。检察官和辩护律师可以直接委托专家证人进行鉴定。相反，大陆法系国家多采用职权主义的诉讼程序，鉴定被认为是“帮助裁判者发现真相，实现正义”的活动。因此，司法鉴定一般由法官依当事人请求，或者依据职权主动决定。
我国这种带有浓烈职权主义色彩的鉴定制度，缺点是由于缺乏对立面的制约，鉴定结论往往是“一言堂”，易于造成审判人员的偏听偏信。而英美实行的主要由控辩双方决定鉴定事项的制度，由于有对立面的制约，通常可以更全面的揭示案件事实，有利于审判人员兼听则明；但是，由于鉴定人是由当事人请的，所以鉴定人在选择鉴定材料作出鉴定结论时，会不自觉地带有倾向性。
既然目前我国的诉讼制度中已引人了英美法系的“庭审抗辩制度”（《
刑事诉讼法》第
160条“经审判长同意，公诉人、当事人和辩护人、诉讼代理人可以对证据和案件情况发表意见并且可以互相辩论”），就应该赋予当事人更大的鉴定启动权。随着我国审判制度改革的深化，由当事人自己提起的鉴定将日益增多。随着鉴定机构脱离与公安机关、检察机关及法院的隶属系，当事人理应被赋予委托鉴定的权利，从法理上讲，医疗事故当事人作为案件纠纷最直接的利害关系人，是最应该有权直接启动鉴定的人。同时考虑到我国大陆法系国家的司法传统，人民法院及检察院的鉴定启动权可以不必剥夺，与当事人的鉴定启动权同时并存，但应处于辅助地位。
