我国要引入的独立董事制度与我国现行的公司治理结构存在着一定的法律冲突。英美国家公司董事会是“一元制”，即经营与监督集于一身，故其在董事会中设立独立董事组成审计委员会、报酬委员会、提名委员会等，加强董事会的监督职能，这种做法与其公司治理结构是相容的。不存在制度职能上的重叠与冲突。而我国则不同，目前我国《
公司法》中有专门的公司监督机构监事会，若引入独立董事制度，则是由独立董事完全代替监事会还是二者并存？若二者并存，那么监事会和独立董事权限如何划分、关系如何架构都是要解决的问题。
从国外立法例来看，日本与我国情况相似，日本采用的方法是通过加强监事会的职能如设立独立监事来完善公司监督职能，而并非全盘否定监事会。对监事会和独立董事的并存问题，我们要把握独立董事制度的实质即独立监督，从而维护股东利益。只要把握这一实质即可将独立董事制度引入我国公司制度，与我国的公司治理结构进行无缝接入。但独立董事的作用应主要限于董事会的内部控制。只有这样，才能既发挥独立董事和监事会的各自效用，又避免功能上的重叠冲突和互相扯皮，无人负责的尴尬。
首先，要明确独立董事与监事会的不同性质。独立董事制度属于董事会的内部控制机制，监事会则是董事会之外，与其并行的公司监督机构。二者的质的区别之一即监事不参与董事会的决策，而独立董事则通过在执行层次上参与董事会的决策来保护中小股东利益，提高决策的科学性、合理性，从而制衡经理人员。
其次，明确二者的功能不同。监事会的职能，《
公司法》中已作了明文规定，主要是对公司财务的全面监督及对董事、经理的经营决策和业务执行行为的合法性、妥当性进行监督。根据证监会的指导意见，独立董事的职能主要是定位于: 对内部董事的提名、内部董事和经理人员的薪酬提出独立意见，并对自我交易和关联交易的独立判断和认可，以及就公司财务信息的审核和控制方面协助监事会。
再次，加强监事会的职能，立足于减少监督成本，充分发掘并利用现有公司监督资源。尤其应着手落实监事会职权的实际保障，细化监事会的组成和工作内容方面的规则，以强化监事会的独立性，让长期囿于各种原因不能充分发挥作用的监事会规范化、实在化。
最后，从以下三个层面架构独立董事制度。从法制层面上，应修改或制定相关的法律法规，从而确立董事制度的相关内容；从行业层面上，应建立独立董事资质鉴定机构，行业自律组织和独立董事责任保险制度等配套制度。从公司层面上，公司应根据自身情况制定独立董事制度的实施细则及其权限范围。
总之，独立董事制度的架构至少应遵循以下原则，即一是独立董事应定位清楚，职能明确；二是独立董事应责、权、利相一致。在独立董事制度中，应强调以下几方面， ①最关键的是独立董事的选任机制，必须确保独立董事产生机制的独立性，在现行大股东普遍控制董事会和监事会的情况下，由此而提名产生的独立董事是难以做到人格和行权独立的。因此，在改变我国上市公司大股东控制现象的同时，必须改变独立董事的产生方式，即剥夺大股东的表决权，独立董事真正由中小股东选拔聘任。代表公司和全体股东的利益，否则再独立，再公正可能被大股东一票否决。②独立董事的责权规定：除证监会规定的权力外，公司可根据具体情况，明确独立董事会的其他权限范围并提供切实保障；同时，应对怠于职守的独立事会追究连带责任，任何股东都可以依法对其提起诉讼。③独立董事的薪酬制度：证监会《指导意见》中虽然指出上市公司应给予独立董事适当的津贴，但未明确规定津贴的出处和支取原则。在实践中容易出现独立董事被高薪收买，从而丧失客观公正性。而且，独立董事是独立的经济行为人，本身也存在激励的问题，可以考虑采取固定薪酬加上奖励或股票期权的方式，因为我们不能指望独立董事既承担风险和责任，又领微薄的报酬。若不能解决独立董事的薪酬问题，该制度就会流于形式，难以发挥实质作用。
