2、裁判者的地位——裁判权不充分的裁判者孤立但并不中立
首先，赔偿委员会只能就赔偿的数额进行裁量，对证据的确认等无权参与，所以说只能行使半个裁判权，而另一半则有赔偿义务机关在确认制度中自我裁断了。其次，在刑事赔偿程序中：一方面，由于诉讼双方的主体地位未完全确立，使得赔偿委员会因无法与请求人、被请求人进行信息沟通而处于信息孤立的状态，只能依据请求人的书面请求书作出决定。如此以来，难免会使人对审判的合理性与权威性产生置疑。另一方面，赔偿委员会在审理法院错判案件的赔偿中，由于与自身有着利益上的联系，实难做到中立。蒙住双眼不偏不倚固然不错，但是如果不用纱布蒙住公正的慧眼，情况就会更好。[16]遗憾的是，赔偿委员会“蒙住了双眼”——切断与诉讼双方的信息交流，却无法做到不偏不倚，至于睁开慧眼看世界，那更是望尘莫及了。
3、裁判的权威性——已经模糊了的权威
首先，在前面已经提及到，由于法律没有为纷争双方提供主张权利的机制，其主张也便不会在裁判结果中得到尊重，从而对裁判产生不信任。其次，刑事赔偿的裁判结果没有执行机制的保障。《
国家赔偿法》没有规定国家赔偿委员会决定结果的执行程序，造成法律执行的空白，使裁判的权威性变得模糊。
4、 审级制度——没有结束的结局
刑事赔偿程序实行一审终审制，实际上，受审理水平的限制，一审终审也很难保证决定结果的公正性。这便使得对决定结果有疑义、有冤情的当事人只能无奈接受这个没有结束的结局。
此外，我国刑事赔偿程序的外在价值——工具性价值以及经济性价值的实现状况也不尽人意。首先，对于刑事赔偿的立法主要目的在于保障无辜受害人的求偿权、确保受害人的实体权益受到保护。然而，我们的刑事赔偿程序反而成了赔偿义务机关的挡箭牌，将受害者挡在索赔的大门之外，其工具性价值荡然无存。在此种情况下，强调其工具性价值便显得尤为重要。再者，由于程序规则的简单含糊，确认期限的不明确，使得刑事赔偿往往是旷日持久、不了了之，其经济性也便无从谈起。
在明了了现行法与诉讼价值的差距后，下面便从这种差距出发，重构刑事赔偿程序的具体内容：
1、 改造赔偿义务机关的确认制度
在实践中，司法机关的确认制度已经成为请求人索赔的主要障碍，大约有接近44%的请求人因为无法提供确认文件而被拒于国家赔偿的大门之外。[17]究其原因，主要是因为确认制度自身的规定过于简单含糊。对这种缺陷，有的学者形象的称为：“四个不明确”、“一个缺乏”，即：确认主体不明确、确认是否是一个独立的程序不明确、确认的具体程序不明确、确认的期限不明确以及确认程序缺乏有效的控制和监督。[18]更为重要的是，这种确认程序是由侦察、检查机关对自身行为的合法性做出确认，其公正性不能不令人怀疑。对以上问题的解决，学者无一例外地想到了：创立独立的确认程序。即：由中立的裁判者主持，在纷争的双方的参与下对司法机关行为的合法性进行确认。然而，这一中立者的角色由谁来担任？却着实成立了一个难题。立足中国现状，能够承担此任的只有法院和人大两个机关。假若由法院来确认侦察行为的合法性，尤其是确认检察院所做决定的合法性，是否是对检察院行使权利的干预，是否是违反了
宪法及
刑事诉讼法中有关公检法三机关分工合作办理刑事案件规定？此外，我国宪政体制中，法院与检察院均对人大负责，双方地位平等，由法院来确认检察院的行为的合法性，是否违反现行宪政体系？所有这些都让人不无顾虑，故而，由法院来确认赔偿义务机关行为的合法性实不可取。那么，由人大担此重任如何？从理论上来讲，这同人大行使对司法机关的监督权是吻合的。但依人大的现状，其根本没有审查案件的经验与司法力量。要想解决这一问题，只有在人大设立一新的裁判机构来取代现行制度中设立在法院的赔偿委员会，由其负责确认司法机关行为的违法性，同时行使对刑事赔偿的裁判权。至于确认的具体程序可以由请求人一方提出申请，采用诉讼的方式，通过双方的控辩，由赔偿委员会作出最终的决定。
