依
《办法》中关于医疗事故的处理程序的有关规定，医疗事故技术鉴定委员会的鉴定或卫生行政部门的处理是法院受理此类赔偿案件的前置程序，这显然与诉讼法原理相冲突。因为医疗事故技术鉴定结论只是作为一种证据。既然是证据，当事人就可以在起诉时提供，也可以在起诉后提供，对医疗纠纷的行政处理是卫生行政部门依职权处理的具体行政行为，不能成为提起民事诉讼的前提条件。并且，这种规定在实质上限制了患者一方寻求法律救济的权利，不利于保护处于弱势群体的患者方。
目前的医疗事故鉴定体制是集体鉴定制，而不是专家个人鉴定制。以鉴定委员会的名义出具鉴定结论，在形式上就回避了鉴定参与人的法律责任和义务，剥夺了被鉴定人提出异议和追究伪证责任的权利。并且，卫生部(1993)第21号文件指出，如果当事人对鉴定结论不服的，“因卫生行政部门对同级医疗事故技术鉴定委员会无隶属管辖和技术审查权，应告之当事人不予受理”。然而谁又有权对鉴定委员会进行管辖，并行使技术审查权?对鉴定委员会的起诉，最高人民法院法(行)函〔1989〕63号文规定：“如因对鉴定结论有异议向人民法院起诉的，人民法院不予受理”。这样，鉴定委员会就成了一个事实上履行某种意义上的执法职能，但在法律上又不受任何制约和监督，不承担法律责任的组织。
在医疗纠纷审判实践中，遇到多个鉴定结论不一致时，根据《说明》和
《办法》的规定，上级鉴定委员会可以否定下级鉴定委员会的结论，省、自治区、直辖市级鉴定委员会的鉴定为最终鉴定。这种以鉴定机构的级别高低来决定鉴定结论效力的强弱与取舍的做法不符合采信证据的客观标准，并且必然导致在认定案件事实上重视鉴定机构的行政级别，忽视鉴定结论内容是否可靠、准确，违背基本的诉讼证据法理，严重危害诉讼公正。
（三）鉴定程序不公开，有“暗箱操作”之嫌
关于鉴定人的回避问题，我国《
民事诉讼法》第
45条作出了相应的规定。但现行的鉴定制度使得对鉴定人的回避规定完全被虚化。根据《
民事诉讼法》第
72条第1款的规定，对认为需要鉴定的专门性问题由法院交由法定鉴定部门鉴定，或指定鉴定部门鉴定。法院只能“交由”或“指定”有关的鉴定部门，而不能直接委托从事鉴定的人。有关鉴定部门接到法院的鉴定请求以后，决定具体由那个专家进行鉴定，完全是鉴定部门内部的事，法院无权过问或干预，其结果是连法官也不知道究竟是谁在从事鉴定，只是在收到鉴定结论以后，才能从鉴定结论的签名上知晓其姓名，但仍不了解其人的知识水平、经验、技能、资格以及社会关系，所以，法院无法在鉴定活动开始阶段和鉴定过程中对鉴定委员会的鉴定行为进行监督。
