一、医疗事故鉴定体制现存之问题
（一）医疗事故鉴定委员会的人员组成不合理
1、按国务院1987年颁布实施的《
医疗事故处理办法》（以下简称
《办法》）第
12条第3款规定，鉴定委员会的人选，由卫生行政部门提名，报请同级人民政府批准。但在卫生部1998年颁布《关于<
医疗事故处理办法>若干问题的说明》（以下简称《说明》）中，又明确指出鉴定委员会的办事机构设在相应的卫生行政机关。这样，各级鉴定委员会虽经同级人民政府批准，但它的成员主要由各医疗单位的有关专家组成，日常工作由各级卫生局有关科室负责，实际上成为卫生行政部门的一个下设工作机构。这样就带来两个问题：其一是患者及家属对鉴定结论的科学性和客观性产生怀疑，认为卫生局总是站在医院一边，为医务人员说话的，即使鉴定委员会公正、客观地进行鉴定，患者方也可能会对鉴定结论不服；其二是个别案件也确实存在鉴定委员会过多考虑医院及医务人员的利益，定性时医方责任偏轻。
2、由于鉴定委员会主要成员来自各家医院，他们谁也不能保证自己医院、科室甚至他本人不出问题，因而往往顾忌颇多，直面坦陈者少，含蓄表态者多，有时出现议而不决的情况，使医疗鉴定不能及时地作出结论。
3、由于是本地区甚至是本医院的人参加鉴定，熟人熟事，鉴定委员会往往难以摆脱各种干扰去进行鉴定。
（二）鉴定委员会的地位、责任不明确
对于鉴定问题，在我国三大诉讼法中都明确规定，司法机关对专门性问题认为有必要进行鉴定的，可委托、聘请或指定专门技术人员进行鉴定。同时还规定，司法人员在收到鉴定人员出具的鉴定书后，必须审查其客观真实性，之后决定是否采信。而
《办法》则规定，鉴定委员会是医疗事故鉴定的唯一合法组织，只有它的鉴定结论才能作为认定和处理医疗事故的依据，这显然与国家的诉讼法相冲突。并且，对同一医疗行为是否构成事故，鉴定委员会作为“唯一”的鉴定机构，与司法机关指定的专门鉴定机构，两者出具的鉴定结论如有出入，必然会出现法院应如何采信的难题。
从诉讼法理上讲，医疗纠纷最终要解决的是民事赔偿问题甚至需要追究当事人的刑事责任问题(我国新
刑法已增设“医疗事故罪”),而不仅仅是卫生行政机关对当事人的行政处分,人民法院作出司法鉴定的决定后，具体委托哪些专家或鉴定机构，如何组织专家进行鉴定，都由人民法院决定而不受其他任何行政部门规定的管制或限制，这是人民法院拥有的权力，是行使司法调查权。
《办法》这一规定以行政鉴定取代司法鉴定，以行政规定限制法院司法鉴定的委托权和组织监督权，实际上是以行政权力取代司法调查权和审查权。
