实际上，证券案件诉讼机制的实现，独立董事制度也应当是可以考虑的选择之一。独立董事制度缘起于美国，引入我国公司治理结构中时间很短，从实践上来看远不能说成功，甚至已有教训吸取， 但不能否认它是一种具有现代英美法特色的公司法制度，问题在于我国从理论研究到制度建构多以大陆法的公司法制度为参照，而对英美法的公司法制度却研究不够，借鉴不多，理解不透（徐国栋先生谓之“吃偏食”）。所谓独立董事，简单地说就是公司的外部董事，即担任董事职务而不持公司股票，不参与公司经营，履行董事职责而代表广大股东（尤其是中小股东）利益，对公司经营进行监督的董事。独立董事实质上是一个特殊的公司机关，既然它是独立的，又代表中小股东的利益对公司进行监督，在中小股东利益受损时，理应享有诉讼代表权。但是，如果对这一制度理解不够，运用不当，使得本应行使监督职权的独立董事异化为名誉顾问或花瓶摆设，独立董事就丧失了其存在的价值和应具的功能，当然起不到代表股东利益的作用，更勿谈代表受害股东行使诉权。显然，若采该制度实现证券民事诉讼机制，独立董事尽职尽责是基本前提。2001年8月,中国证监会发布《
关于在上市公司建立独立董事制度的指导意见》,要求2002年6月30日前所有上市公司都要聘请独立董事,2003年6月30日前上市公司董事会中独立董事要达到董事人数的1／3。《意见》明显加强了独立董事在上市公司中的地位和作用，因此，理论上对独立董事制度的研究亟待加强，确立独立董事代表中小股东进行诉讼的诉讼机制也是推行独立董事制度必须考虑的核心内容之一。
其三，《通知》对证券民事诉讼设立了行政处罚前置程序而未设立民事调解前置程序，这一规定虽然在某种程度上减轻了受害人的举证责任，但也在一定程度上排除了部分受害人的诉权。倘若证监会对某些证券违法行为发现不及时或不能及时作出处罚，受害人则不能提起损害赔偿之诉，受处罚者还可能为逃避民事赔偿而对证监会的处罚提起行政诉讼，这对受害人也是不利的。为什么不能考虑在提起证券民事诉讼之前设立一个民事调解前置程序呢？如果能够成立一个调解证券民事纠纷的专门机构，制定出专门的调解规则和赔偿办法，并规定所有证券纠纷案件非经调解不得起诉，对调解结果不满仍可起诉，一则可以为受害者和致害人另辟一条解决纠纷的途径，减少当事人的讼累，二则可以缓解法院的诉讼压力。这样的前置程序较之非经证监会处罚而不得起诉的前置程序对保护投资者权益具有更积极的意义。
