以上分析了登记生效主义同登记对抗主义的各自利弊之处，主要的来说，两者在以下几个方面存在着不同。
　　第一、当事人意思自由方面。登记生效主义以法律强制规定来代替当事人决定自己的事务，而登记对抗主义则主张由当事人自己来判断自己的利益所在并做出决定。在所有权乃至物权受到限制的近现代社会中，就可能带来物权效力的分割。
　　第二、对第三人的保护。前面谈到由于登记作为公示，起到的直接的作用是保全权利人的权利，但是其基础却是有权交易。在物权交易的情况下，仅仅登记公示并不能保全权利人的物权，其并不能解决无权处分下权利人和第三人的利益平衡问题。由于采登记生效主义的国家必须实行强制登记和实质审查，登记具有公信力，第三人可以凭借登记直接取得权利而无须考虑对方是否有权，经登记的物权还可以对抗真正的权利人，由此保护交易安全；但登记的事项也可能存在错误，因此在此登记生效主义是牺牲了真正权利人的利益来保障第三人的利益，真正权利人只能通过国家赔偿或向侵权人请求赔偿来获得救济；由此来平衡双方的利益。而由于登记对抗主义采取任意登记和形式登记的制度，登记并不具有权利正确性的推定力，因此即使登记的物权，都不能对抗真正的权利人；更何况在非登记的情况下，例如在法国，不动产物权的证明在实践中是个非常大的问题[15]，因此第三人的利益就难以得到保障，而由于所有权的回复效力，因此真正权利人的利益得到了充分的保障。
　　第三、交易成本问题。无论采取何种主义，都存在一定的交易成本。登记生效主义增加了物权变动当事人双方的成本，如登记费用等，但减少了第三人的交易成本，因其可通过较少的成本如查询登记簿就可知权利的归属；但登记对抗主义采任意登记的制度，减少了物权变动当事人双方的成本，但在另一方面却增加了第三人的成本，因第三人进行交易时，将要化更多的时间和费用来获得物的权利归属情况。
　　从上面的分析可以看出，登记生效主义基本是解决交易过程中的两大问题，第一通过实质审查尽量保证登记的正确性，也即交易的有权性，第二，在交易取向上选择交易安全，无论有权无权，通过登记公信力的规定，使第三人凭借登记可以直接取得物的所有权，直接给予第三人完全的保障，而给所有权人予以制度上的救济。可以说采登记生效主义的立法理念是建立在如是无权处分的情况下，如何保护第三人的利益和所有权人的利益平衡的基础上；但登记对抗主义则建立在物的交易为有权的交易的基础上，所有权人可以以自己的意志对自己支配的物进行处分，并让对方得到物的权利，另外通过物的公示从制度上保障物的交易尽量为有权交易[16]，这仅仅是解决了一个问题，但这个立法没能回答在无权交易的情况下，所有权人的利益同第三人的利益如何保障的问题。所有权人可以通过传统民法中所有权的回复效力保护自己的利益，但第三人的利益却并无救济的手段，因此不能不说是有失偏颇。各国现在所采取的例如“权原保险”的方式，也无非是尽量想解决在无权处分的情况下，第三人的利益如何保障的问题，但终归是辅助性措施。

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