三、危害
侦查羁押适用的工具化和普遍化已背离了刑事诉讼立法确立侦查羁押作为诉讼保障措施的主旨，从防范（诉讼危险，如证据的丧失）到积极的追求（证据的发现和收集），从立法上的例外到实践中的原则，侦查羁押适用中的误区之危害已不能简单地从其对犯罪嫌疑人的合法权益的侵害这一单一层面去理解，而应在这一基础之上有更为深入的认识。
（一）、对法的严肃性的损害
有法必依、执法必严是我国建设现代法治国家的重要原则，从法的鉴别和引导功能来说，立法的鉴别只是一种静态的鉴别，并不为普遍的公众所通晓，而司法过程中的司法鉴别则是一种动态的鉴别，静态的立法通过动态的司法而为更为广泛的公众所通晓，静态的法在动态的司法过程中的因严格执行而获得了公众的尊重，从而实现其对公众的鉴别和引导功能。然而侦查羁押适用中的误区则因其忽视、规避、甚而无视《
刑事诉讼法》的立法主旨构成了对法的严肃性的严重损害，削弱了《
刑事诉讼法》对公众行为的规制能力，有时执法者违法的嘲讽或许正是引起一些人违法的内心动因之一。
（二）、引发新的不安定因素
由于侦查机关对犯罪嫌疑人的违法羁押、超期羁押引起犯罪嫌疑人及其亲属对侦查机关的严重不满和对法治的失望情绪是新的社会不安定因素之一。从犯罪嫌疑人方面的表现来说可能是导致其所关押的看守所内的监管秩序不安定的潜在威胁，犯罪嫌疑人长时间的关押有时可能就培养成了一个环境熟悉的牢头狱霸，在看守所内不但没能防止其继续犯罪，反而有可能为其创造了更大的犯罪机会，如煽动监房内的犯罪嫌疑人、被告人逃狱、监内敲诈勒索、监内杀人、伤害、监内传授犯罪方法等；或因长期羁押造成身心方面的巨大伤害，形成变态人格，或自杀以寻求解脱。如果从犯罪嫌疑人家属方面来说，因犯罪嫌疑人被违法羁押、超期羁押而案件久拖不决从而滋生了对社会的不满情绪，时常到侦查机关要了解情况、发脾气、甚至煽动群体性事件、不断地上访，严重地干扰了侦查机关及其他国家机关正常的工作秩序。如果从被害人及其亲属的角度来说，则因案件的久拖不决而认为侦查机关未尽力，或对侦查机关的办案能力不信任，进而引发其他的不满情绪，如四处上访、意欲与犯罪嫌疑人之间进行“私了”（以私力了断纠纷），正谓“正义不但要得到实现，还要及时得到实现”。
（三）、影响了正常的罪刑关系
罪刑相适应是
刑法基本原则之一，其要求法院在最终审判是根据犯罪嫌疑人的具体罪之情形而确定对犯罪嫌疑人的刑罚，而非其他。然而侦查羁押是在法院审判之前就剥夺了犯罪嫌疑人的自由，这一既成事实对法院量刑的影响有：1、影响了法院在确立对犯罪嫌疑人刑罚时的刑种选择。由于侦查羁押期间对犯罪嫌疑人自由剥夺对犯罪嫌疑人受到有罪判决后的刑期折抵问题的存在，使法院在确定犯罪嫌疑人刑种之时不得不考虑其在此前就已受到的羁押，从而排除了本可适用于犯罪嫌疑人的罚金、管制等刑种，大大地增加了自由刑的适用比例，在众多的法治国家正不断地寻求可行的行刑社会化途径的当今，尤其在我们国家的监狱行刑因物质投入不足而无法获得令人满意的行刑效果的形式之下，适当地降低自由刑的适用比例，扩大罚金、管制等刑罚的适用范围本身就具有重大的理论和实践价值。而解决侦查羁押适用中的误区，使之复归其例外之本质，严格地依法控制侦查羁押的适用正是解决量刑时法院刑种选择的瓶颈所在。2、影响了法院对被告人刑期的确定，“严重的超期羁押给审判人员造成心理障碍，使其对本不应处（自由）刑或只应出轻刑的人，基于对长期羁押的既成现实的迁就而违背立法精神或超出案件事实予以处刑或处以重刑，以致无罪司罚或轻罪重罚。”[5]
（四）、对刑罚矫正功能的影响
自由刑通过行刑机关对罪犯有组织、有计划的教育而达到对罪犯的犯罪恶习的校正，从习惯养成等教育理论来说，对其犯罪恶习的校正除需要一合格的矫正机关、矫正人员外，还需要有一适合犯罪恶习矫正的环境和一定的时间。根据我国《
刑法》规定，被告人在审判之前的羁押期间应用于折抵刑期，对一些轻罪案件的被告人，由于审判前羁押时间过长（其中主要是侦查羁押时间），往往导致在法院判决之后，刑期折抵就使矫正期所剩无几。而在此前的侦查羁押期间，看守所由于自身条件的限制并不能很好地对犯罪嫌疑人进行矫正工作，其实如果从无罪推定原则而言看守所也缺乏对犯罪嫌疑人进行恶习矫正的法理依据——既尚未确定有罪，又谈何矫正？
四、原因
