在行政执法上，传统的行政执法手段中有些可以适用于电子商务，有些则不能适用或应慎用。行政奖励与行政指导等手段应该积极使用，因为政府对电子商务管理的主要方向是提倡，因而应主要采取鼓励和正面引导的手段。与其相反，行政许可和禁止这些命令——服从手段应该不用或少用。目前一些政府部门在面对电子商务引发的各种问题时，由于缺乏必要的知识，简单以“禁止”或“暂不允许”的方式来应对，这是极为有害的一种做法。对电子商务应极其慎重地使用禁止手段，因为对电子商务进行管理，必须时时记住网络全球性的特点。如果采取的管理机制与国际主要趋势不符合，最多只能管管国内网站，却管不到国外网站，无法达到原先管理的目的。而如果彻底管死，全部封杀国外网站，则无异于将本国网络资讯与世隔绝，网络快速、自由、流通的特性就所剩无几了。一种先进的不可阻挡的市场手段也许有隐患，但只能是在使用中规范，单纯禁止只会因噎废食。因此，我国的网络管理法律制度除考虑本国国情外，还必须考虑国际社会通行的做法。从世界各国对网络内容管理的法律与政策看，直接用法律禁止、以强制措施管理网络的，多是象阿拉伯等第三世界的国家。而欧、美、日本等发达国家，除了对恐怖、色情内容的禁止外，一般不以法律强令禁止，而是以科技辅助和从业者自律为主要手段。保留弹性空间，将权利交给网络使用者，可以使网络社会自行发展出一套符合社会价值观的运作系统。行政许可也必须慎重使用。因为许可是以普遍禁止为条件的，多设置一项许可制度，就意味着增加了一块普通人的行为禁区，剥夺了多数人在这一领域的行动自由，(14)因此，只有在严重影响国家、社会利益，必须对其加以限制时，才可设置行政许可制度。
在行政执法中，由于电子商务的特点会遇到一些新的问题。其中第一个大问题是管辖权的确定。这一方面是由于确定网上行为的具体发生地点和确切范围很困难；另一方面是由于即使能确定具体地点，但由于因特网是一个虚拟的世界，地理因素在因特网中并无太大意义，随便在任何地方的任何计算机上都可以从事所有的网上活动，从而使传统的以一定地域与特定法律关系之间存在实质性联系作为确定管辖权依据的原理难以适用。以实施行政处罚为例，一般是由违法行为发生地的行政机关管辖。但在网络上，违法行为发生地可能是难于确定的。如《
消费者权益保护法》第
50条规定，对商品或者服务作引人误解的虚假宣传的，应由工商行政管理部门责令改正，并可以进行其他处罚。那么，网络上进行的虚假宣传的发生地在哪里？是在发布虚假宣传者所在地、为虚假宣传提供网址的ISP的注册地，还是任意访问该虚假宣传的人的所在地？如果辖区内人士为规避法律而申请外国网址进行虚假宣传，实际操作电脑仍在辖区，可否管辖？到辖区内设立的网站上访问虚假信息的人，包括国内、国外的是否都可管辖？这些都将是行政机关在执法中所遇到的新问题。第二个大问题是证据的收集采纳。行政机关必须依法行政，作出行政行为必须有事实依据。但在网络上，电子文件可以不留任何痕迹进行修改、复制和删除，这就加大了执法的难度。行政机关采集和使用证据时，必须考虑到生产、存储或传递该数据电文的办法的可靠性，以及保护信息完整的方法的可靠性等因素；同时，应建立对电子证据的收集、保管、采用、排除和举证、质证的完善规则。
