第六，司法改革还有一个问题，就是要调整、理顺不同的法律机关以及法律职业之间的关系，比如说法院和检察院之间的关系，检察官与律师之间的关系，以及法院与公安系统之间的关系，等等。公安机关只是一个行政机关，检察院则是行使行政权的司法机关，因为它积极地追诉犯罪。这些机关之间的关系现在并没有理顺，相互配合有时蜕变为职权混淆，相互制约又经常变质成斗气冲突。无论是职权混淆，还是斗气冲突，都严重地弱化了司法机关保护权利和惩罚犯罪的功能，伤害了司法机关的公正形象和法律职业共同体的团结。理顺法律机构之间的关系，首先要从司法人员的选任机制入手，例如建立包括法官、检察官和律师三种主要的法律职业共同的入门考试制度，以及共同的职前研修制度，以强化三种职业者之间的共同体意识和一种职业者对另外两种职业的理解。此外，还必须在
宪法层面上理顺法院、检察院以及律师之间的关系。目前的弊端在于
宪法上对司法机关之间关系的设置本身有相当不合理之处，现实中又多维护部门利益，坐在谁家的椅子上为谁家说话，甚至两家的司法解释也相互冲突，加剧了问题的严重性。
第七，必须要理顺法院与人民代表大会之间的关系。人大是最高权力机关，对司法机关当然拥有毋庸置疑的监督权力。不过，这种权力应当体现在对法院财政、人事等领域的监督上。例如，经费的支出是否合理，是否存在不正当收费，任命过程中候选人是否符合法定的任职资格，严重违反职业伦理的法官怎样加以弹劾，等等。在这些方面，人大的监督还很不够，应当进一步强化。可以说，某些地方一些不符合
法官法规定任职资格的人进入法院成为法官甚至法院院长，跟人大在任命过程中没有有效地行使上述权力有直接的关系。值得注意的是，现在，一些地方出现了另一种监督，那就是人大插手对具体案件的处理，这种名为“个案监督”的做法混淆了立法权与司法权的界限，实际上也降低了人大的地位。由于人大代表并不是按照法官的资格加以选任，人大对具体案件的了解通常并非通过两造对质的方式获得，而且也缺乏司法程序的制约，个案监督也可能导致更多的不公正。因此，如何既强化人大对司法机关的监督，又不使人大取代法院成为司法机关，将是我们走向司法公正的又一个制度建设的关键点。
