妨碍司法改革朝向健康目标迈进的第二个矛盾是，一方面我们不断地倡导依法治国，另一方面，社会中实际上起到法律作用的规则又不只是国家立法机关所制定的法律，法院以及检察院在实际的司法过程中也不能只服从法律。本来，在一个讲求法治的国家，社会中各种利益固然可以是多样化的，不过因为法的至高无上和普遍适用的特征，司法过程中终极的准则毕竟是
宪法和法律。也就是说，在解决纠纷、处理案件时，法官必须以
宪法和制定法为基本依据。当然，实际的司法过程要比人们平常想象的复杂得多；法律解释经常受到法官的政策考量甚至其他不被决策者本人意识到的因素的影响，但是，由于受到法律共同体在法律解释以及法律推理规则上共识的制约，所以司法过程所依据的规范是有其确定性的，并且是单极化的。与单极化相对立的是多极化，即法外有法，法上有法，许多法律之外的规范也具有与法律同样的作用，司法机关之外的机关也可以行使司法职权。一些非司法机关可以长时间限制人身自由便是明显的例子。在司法机关这方面，我们又强调法院和检察院的工作既要讲法律效果，又要讲社会效果，从而助长了司法过程所适用规范的多极化和混乱。
法治国家要求法院居于社会关系调整过程中的核心地位，而我们的法院以及检察机关在整个国家的权力结构中仍处在相当边缘化的地位，这是今天的司法改革所面临的第三个矛盾。当年，法国思想家托克维尔在观察美国社会时，曾指出：“在美国，几乎所有的政治问题都要变成司法问题。”这意味着司法权的影响力不仅及于狭义的法律领域，而且是整个政治权力格局中的重要力量。法院的这种地位在当今的法治国家中有普遍的体现。曾有学者著书，题为《司法权在全球范围内的扩张》，历数世界许多国家法院越来越多地对政府行为进行司法审查，对议会立法的合宪性作出判断，大有演成全球化走向之势。然而，在我们的权力格局中，法院以及检察院至今仍在夹缝中求生存：司法机关在俗称“人财物”等最重要的生存环节上依赖于同级党政权力；某些地方的人大可以无视立法与司法的界限，进行所谓的“个案监督”；在一些行政首长的眼中，司法机关不过是其下属的科局而已，而且是不甚重要的科局。央视名牌栏目“东方时空”让“两高”首长忝列“部长访谈录”末席为这种观念提供了一个生动的注脚；许多地方党的政法委员会书记由公安机关的首长担任。司法机关为改变这种边缘化的地位，想方设法，一方面向权力部门示好，另一方面，在社会中更多地以威武示人。但事与愿违，示好的结果愈发强化了司法机关的从属地位，而黩武则使得司法尊严进一步丧失。
