无法获得委任状的威廉·马伯利以及其他其他三位“亚当斯的午夜法官”万般无奈，他们依据1789年《
法官法》第13款所规定的联邦最高法院的管辖权提出诉讼，要求最高法院向新任国务卿麦迪逊发出训令，命令他递交委任状。与此同时，联邦党人对共和党控制的国会废除《巡回法院法》的行为也在巡回法院提出了诉讼。案件到了马歇尔大法官的手中。
马歇尔大法官所面临的局面非常微妙也非常棘手。他非常想利用这个机会来教训教训杰佛逊总统和共和党人；同时为了使联邦党人真正能够有效利用司法对抗共和党，最高法院的权威也必须提高，使其真正成为与国会和总统同等的机关。然而，马歇尔也深知，这个汉密尔顿曾认为“既无钱又无剑”〔5〕的最高法院的权威很有限，无法强迫政府和国会服从最高法院的判决。在此前，马歇尔就曾将马伯利的请求转告麦迪逊，要求麦氏就此问题给予答辩，然而麦迪逊毫不理睬。因此，即使最高法院作出判决，麦迪逊还会如此对付。这样一来，不仅判决毫无用处，更重要的是会“偷鸡不成反蚀把米”——马歇尔个人的和最高法院的权威都会进一步降低。但如果为避免这一尴尬而拒绝审理这些案件，则意味着——至少在他人看来——马歇尔在共和党人的猖狂“反攻倒算”面前屈服了，他和最高法院也将同样灰溜溜的。干还是不干(To be or not to be)，这是一个哈默雷特式的问题，甚至更为哈默雷特，因为无论干不干都可能是输家。
“沧海横流，方显出英雄本色”，马歇尔决定要在一个看来必败的战役中打一场成功的战斗。他选择了马伯利诉麦迪逊一案进行反击(在另一案中，马歇尔放弃了，认定新国会废除《巡回法院法》的行为合宪〔6〕)。在该案判决中，马歇尔狡猾地(不带贬义)将问题概括为三个：
1、马伯利是否有权获得委任状；2，如果马伯利的权利被违反了，法律上可以有什么救济；3、如果法律上可以给予救济，是否可以由最高法院发出训令。在这份长达27页的判决书中，马歇尔用了整整20页对前两个问题作出了肯定的回答。〔7〕但是，从逻辑上看，说麦迪逊违法并不自然而然地等于最高法院有权力和权利命令麦迪逊纠正自己的违法。问题的关键在于，联邦法院有没有这个权利向麦迪逊发出这个训令？
马伯利所依据的是1789年的
法官法第13款，这一款规定最高法院对这类问题有一审管辖权，可以向麦迪逊发出训令。〔8〕但是，马歇尔说，依据美国宪法第三条，马伯利的案件不属于
宪法规定的联邦最高法院一审管辖之内，〔9〕1789年的《
法官法》实际上扩大了最高法院的管辖权。因此，
宪法和《
法官法》之间在这一问题上的规定相互抵牾。当
宪法和普通立法有冲突时，马歇尔指出，必须服从
宪法，因为
宪法是最高的法律，不允许国会以一般立法来改变其内容。也许有人会说，国会可以解释
宪法和法律，作扩大的解释。但马歇尔指出，确定法律规定的含义断然是司法部门的领地和责任；如果发现两个规则有冲突，必须由法院来决定谁有效。马歇尔的解释是，与
宪法相背的法律是违宪的，也因此是无效的。因此，尽管马伯利享有权利，尽管麦迪逊不送达委任状违反了马伯利的权利，尽管马伯利应当得到法律救济，但是，最高法院对此问题没有管辖权。短促突击，有利有节，马歇尔巧妙地利用了一个法律技术问题在判决的最后否决了马伯利的诉求，也就避免了与杰弗逊的正面冲突。
