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债权凭证制度的可操作性不强。由于各地法院关于债权凭证暂行规定都比较原则，尤其是并没有具体规定依债权凭证申请执行的程序，因此，在执行实践中难以操作，也不易于法院内部工作管理。比如，依债权凭证申请执行时，法院一般是把执行情况记录在债权凭证上，但执行中如果又出现需要中止执行或终结执行的情况应如何作出裁定；注销债权凭证后应否再作出案件终结执行的裁定；从法院内部工作管理方面来说，这类不经立案、由执行机构直接登记的案件如何计算执行工作量等等。
债权凭证是一种特殊的权利证书，法院发放债权凭证是一项非常严肃的工作，直接涉及到债权人申请执行的权力以及法院执行程序改造等法律问题，如果任由省市法院各自发展，社会上就会出现大量的形式、内容和效力不尽一致的债权凭证，在全国范围内势必会造成司法不统一的严重后果。比如某些法院发放债权凭证采用债权人自愿的原则，有的债权人因自愿申请而获得债权凭证，有的则因没有申请而不能获得债权凭证，从而造成对同一类案件再次申请执行的程序不一致的现象。有关部门对此应予以足够的重视，加强监督和协调工作，在充分论证、分析这种制度的可行性的基础上，尽快予以统一规定，不要使这种制度一直处于不稳定的状态。总之，在债权凭证制度不够成熟、最高法院没有统一规定之前，不便广泛实施这种制度。
（二）涉及债权凭证制度的一些概念、术语表述不一
主要有以下情况：
1、“债权凭证制度”的概念模糊，甚至对某些关键问题的认识存在着实质性的分歧或错误认识，比如以下几种说法：“债权凭证是指债权人对债务人享有经法定期限执行后未受偿债权余额继续追偿的权利凭证”、“债权凭证是指在执行过程中，法院在实施强制执行没有达到效果时，依据申请执行人的申请，向其发放的用以证明其对被执行人享有债权的权利证书”、 “债权凭证制度中，向债权人发放债权凭证是一种法律救济手段”、“实行债权凭证制度是既判力、执行力的扩张”等等。这说明债权凭证制度还处于一种不确定状态，从而造成各种不同的理解，应尽快予以统一。
2、把“债权凭证是申请执行的依据”理解为“债权凭证是执行依据”。其实，根据有关法律及司法解释，执行依据只能是生效法律文书，而债权凭证是一种权利证书，只能证明债权的存在，而不能作为执行的依据，即使可依债权凭证申请执行，执行的也仍是原生效法律文书。尤其是在其他部门协助执行时，比如法院到银行扣划存款时，现有法律要求附生效法律文书，但对于依债权凭证申请执行的案件若附债权凭证，银行完全有理由不予协助，造成新的“执行难”。
3、个别法院把“债权凭证”称为“申请执行债权凭证”。虽然这样做的目的是想把执行程序中的“债权凭证”与一般意义的“债权凭证”区别开来，但又往往使人产生一种“债权凭证就是执行依据”的错误认识。
4、“债权人依债权凭证申请执行”常常被表述为“重新申请执行”、“再次申请执行”、“申请继续执行”或“申请恢复执行”。根据债权凭证制度的精神，某些案件的终结执行只是意味着“本次执行程序的终结”，不是“生效法律文书的执行终结”，因此一旦债权人再次申请执行，就意味着又启动了新的执行程序，而“继续执行”和“恢复执行”一般是针对原执行程序而言的，并且主要用于暂缓、停止、中止执行的情况，因此，“申请继续执行”、“申请恢复执行”的用语欠妥。而“重新申请执行”是相对于已“终结执行法律文书”后又申请执行而言的，必须先撤销原终结裁定才可执行，而“终结执行本次执行”程序则不符合这一点，因此，用“重新申请执行”来表述也不合适。综上所述，只有“再次申请执行”的用语才比较符合债权凭证制度的精神。
（三）债权凭证制度的适用范围狭窄
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