综上分析，由于专家意见不能归属于法定诉讼材料中的任何一种，在诉讼中不具备作为裁判依据的法律地位，因此在诉讼中使用专家意见是违背程序自治原则的。
三、专家意见与司法独立
司法独立是一项现代法治国家普遍承认和确立的基本法律准则，在我国也是一项
宪法原则。《
中华人民共和国宪法》第
一百二十六条明确规定：“人民法院依照法律规定独立行使审判权，不受行政机关、社会团体和个人的干涉。”这一原则的立法要旨在于要求法官将其裁判建立在自己独立思考的基础上，防止法官的审判过程和裁判结果受到来自其他政府权力或外界力量的干涉和影响，确保审判权的公正行使。
一般而言，法官作为司法权（审判权）的唯一、直接的行使者，应当是除立法机关以外的唯一的对法律的有权阐释者，法官的判决也应当是社会公正的唯一标准。但是在中国当前的现实环境下，法官的政治经济地位在整个社会权力机制中还比较弱小，法官的整体素质还不是很高，这就使得法官的判断根本不具有权威性，不能成为成为社会主流判断司法公正的标准。与之相反，社会舆论是以社会公众的代言人自居的，而专家意见则以专业权威的面目出现，二者对当事人、对法官甚至对司法机关的领导都会产生无形的影响力，在许多时候二者还相互协作，共同对整个社会施加影响。在法官的裁判不能成为社会主流判断司法公正的标准时，社会舆论、专家意见便会趁虚而入，取而代之，获得社会主流认同，成为司法公正的标准。
如果说专家意见在有些时候会帮助法官改变对法律的错误认识，在个案中实现了公正；那么他同样可能以错误的观点来影响法官的正确认识，如果再加上专家利用自己的社会地位或人际关系为一方当事人利益而给有关方面施加影响的话，司法公正的实现几乎没有了可能性。个案的公正与法官的独立审判相比而言，后者似乎具有更上位的价值，因此以否定的法官的独立思考为代价来追求个案的公正，显然不是一种最好的选择。允许专家意见在诉讼中的应用，无疑会直接或间接影响到法官的独立思考和独立裁判，最终影响到司法公正。
换个角度看，对法官而言，如果其本身不具有较高的法律素质，对面临的法律问题需要求助于专家的意见，这时其对于专家意见往往缺乏鉴别能力，其结果必然是迷信、盲从权威而放弃自己的独立思考，这就根本无法保障其裁判不受专家意见的左右；如果其本身具有较高的法律素质，对于专家意见具有鉴别能力，那么专家意见的存在价值也就有疑问了，因为法官完全可以独立思考，依赖自己的知识作出判断，而不需要专家的智慧。
四、专家意见与法律学说
