在海事强制令的协助方上亦会存在侵权问题。一般说来海事强制令协助执行人有两种：1、法定授权的协助执行人，该类协助执行人因法律规定或行政权限的因素，其协助义务和权限不会变动如海事局等；2、因合同权利性因素的协助执行人，它因授权而产生，其权限会因委托人的授权变化而变化如船代等。海事强制令程序中的协助执行通知书有可能存在所谓“合法条件”下的侵权问题,协助执行方会因该行为而侵犯他方的权利,在本国内可因该行为执行国家裁判而享受免责；但在国际海事诉讼领域有被诉的风险，因为除非有司法互助条约，否则国家间对判决是不承认其效力的，更不用说海事强制令了，从这个角度看某些协助执行通知书的发出属司法不当行为。又如在（2000）沪海法强字第6号申请人在法院发出海事强制令放船后因引航站原因船仍未能开航，要求法院向引航站发出协助执行通知书，法院拒绝发出，因为船舶并非为法院所扣，不存在法院所要求的协助执行的内容。法院在签发协助执行通知书从而维护当事人的权益时不能违反法律规定的本身，更不能侵害无关的第三方的合法权益，这违背了法律规定的目的。
（五）关于海事强制令案件的实体胜诉问题
申请海事强制令，不需求助于抗辩、质证、证人陈述和交换证据等，适用程序较为简易，它用正当司法手段排除某些审前程序的运用。海事强制令虽非最终处理了案件，但不论海事强制令发出在主观上和目的上的态度如何，都永久地处置了案件。即使海事强制令不能终局地、决定性地处置全部诉讼，它仍有可能弃一方当事人遭受无可挽回的损失之困境，因而永远地牺牲了被申请人的权利。德国、美国法院在发出临时禁令前均严格审查申请人的条件，其中包括实质胜诉的可能性等。判断申请人在实体审理上胜诉的可能性是法院考虑是否作出责令停止侵权或违约裁定最重要的条件之一。大陆法系国家在适用临时禁令方面，与美国法院要求的标准有所不同，法律规定的临时禁令条件相对宽松，但法院在具体执行时，仍然设定非常严格的条件。
海事强制令具有程序性特征，它不涉及当事人最终责任的分担定性，因此在审查申请人提供的证据时仅作一般表面证据审查即可。实体胜诉的可能性，在起诉前，特别是在没有提供充分证据的情况下，或者在当事人还未进入诉讼程序，对相关证据没有质证的情况下，海事法院很难作出判断。法院没有责任去在海事强制令阶段去认定双方的对事实的矛盾与冲突，或者判断十分复杂的法律问题，法院不应理会案件的“是非曲直”。海事强制令的“法院认为”部分（judicial reflection）只能简单带过，即使当时有更多时间让法院考虑，也不应去判定/认定事实，这些都需要待至开庭审理时双方可去详尽的争议与法院有成熟的考虑。海事强制令应不轻易作出，因为法院一般难以即时判定双方争议的“是非曲直”。海事法院在是否发出类似于临时禁令的海事强制令时，总的指导思想应当是从严把握，谨慎为之。
（六）反担保的额度确定与发还
德国和瑞典等国家法院也要求当事人申请临时禁令要提供担保，美国法院则要考虑公众利益是否会因禁令而受到损害。关于提供担保的具体数额问题，担保应当足以保护被申请人利益和防止申请人滥用权利。最高人民法院《关于适用<
中华人民共和国民事诉讼法>若干问题的意见》第
98条规定：“提供担保的数额应相当于请求保全的数额”。依《海诉法》第55、74、75条的规定，法院可以要求海事强制令的申请人提供反担保；海事请求人的反担保应当提交给法院；海事请求人提供的担保，其方式、数额由海事法院决定。但海事强制令所可能造成的损失难以估断，从而反担保的数额亦难以量化，海事法院一般都要求申请人提供无限额担保，这样其数额的合理性问题值得探讨。
依《海诉法》第77条“担保提供后，提供担保的，可向海事法院申请减少、变更或取消该担保”之规定，海事强制令实施后，申请人可以申请发还担保，但海事法院应否发还，《海诉法》未有规定，由海事法院自由裁量，这使海事法院在操作实践上遇到困难和风险。就海事强制令反担保应否发还即解除问题有“应予发还”、“不予发还”和“有条件发还担保”三种不同意见。
1、“应予发还”论观点认为：（1）海事强制令与海事保全是两种不同性质的强制措施。保全仅涉及程序，对实体财产权利并未处分；而强制令则是对当事人权利的作为或不作为而作出的强制措施。（2）《海诉法》第18条规定海事保全后，不提起诉讼或仲裁的，应该解除保全或返还担保，更证实它不涉及实体权利的处分。《海诉法》第61条却并未规定海事强制令执行后，当事人必须起诉或仲裁。（3）依《海诉法》第77条规定应予发还反担保。（4）《海诉法》第56条规定“作出海事强制令，应当具备下列条件：（一）请求人有具体的海事请求；（二）需要纠正被申请人违反法律规定或者合同约定的行为；（三）情况紧急，不立即作出海事强制令将造成损害或者使损害扩大。”，海事法院裁定发出海事强制令本身就已经确认需要纠正的行为是违法或违反合同的，对实体法律已经做出了判定。在强制令程序中法院已确认了被申请人行为错误，依法作了纠正，却还保留申请人的担保不予发还，造成违法或违反合同的人没有受到惩处，而守法的申请人财产却被作为反担保而扣留的不公正待遇，这不能显示公平原则。但笔者必须指出的是，海事强制令的裁定事项虽涉及实体内容，但因其不是最终解决实体问题，它仍应属于程序性质。
2、“不予发还”论观点认为：（1）《海诉法》没有规定请求人反担保是否可以发还，作为程序性法律不宜比照适用。（2）《海诉法》作为《民诉法》的特别法，在《海诉法》没有规定时适用《民诉法》。申请海事强制令不当，显属不当使用公力救济途径，属海事侵权行为；依据《民诉法》规定，申请海事强制令不当的侵权行为时效为两年，因此，海事强制令的反担保的发还期间为两年。
