其次，按照日本的“实质差别”的判断标准，在商业方法软件专利中很难确定哪一部分是实质部分。以一个通过计算机软件来实现的“最小库存量管理方法” 的专利来看，它可能有三个发明点：一个是最小库存量管理的idea,一个是实现这样的idea 的软件程序program，还有一个能够通过计算机运行的控制系统system。如果将专利的实质部分放在idea 上，那么以后任何利用这样的idea 的 软件方法都落在了等同原则的范围里，甚至是不同的软件实现方法[31]。但是如果将发明的实质部分放在控制系统上，日后其他同类的发明就很容易回避掉等同原则的使用。至于实质部分是软件的话，最后的判断极有可能落在逻辑－顺序－组织的判断上。现在的问题是，大部分商业方法软件专利申请人希望将实质部分锁定在idea上，从而会造成等同原则使用的泛滥。
第三，由于美国CAFC在Festo一案中做出的判决与传统的“等同原则”相悖，美国最高法院已经提审该案，也使得“等同原则”适用的尺度尚不确定。在CAFC的判决中的结论是：无论是出于自愿还是其他任何原因，专利申请人所进行的与权利要求修改有关的技术特征日后不得再有均等侵权的主张。或者说，均等原则的使用方法不再观察专利申请人如何修改其技术特征或元件而弹性保护权利人，而转向判断某一争议的技术特征或元件是否被修改从而使权利要求的范围缩小。当权利要求的范围一旦在申请过程被缩小后，权利人再无主张均等原则的余地。如此下来，只要被控侵权产品和方法没有构成字面侵权，就有很大程度摆脱侵权责任。而在商业方法和计算机软件专利中专利申请人会更多遭遇到“禁止反悔”的抗辩。随着“在先技术”资料库的完善以及审查员素质的提高（具有技术与经济等多重背景），商业方法发明的审查会越来越严格，申请人可能会一次又一次的修改申请文本缩小保护范围以期获得专利，如果Festo案的判决结论成立，恐怕商业方法软件专利保护的新一轮大战又将开始――这可能是商业方法专利权人为争得实际保护而进行的战斗。
2）等同原则在中国的适用
随着中国
专利法第二次修改案的实施，中国最高人民法院颁布了两项重要的司法解释，其中在《
最高人民法院关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》[32]中，首次以规范性文件的形式确认了等同原则为专利侵权判定的一项司法原则，尽管以往在中国专利侵权司法审判中部分法院的法官适用过等同原则理论，但始终没有明确的依据。按照这一司法解释的精神可以理解：等同特征必须同时具备两个条件，一是与权利要求中的技术特征以基本相同的手段、实现基本相同的功能、达到基本相同的效果；二是本领域的普通技术人员无需经过创造性劳动就能够联想到，也就是对本领域普通技术人员来讲是显而易见的。
不同国家授予的商业方法专利在统一的互联网上使用的这一现状，要求各国在专利保护的原则上尽可能一致，以保持法律相对的公平。以等同原则来说，使用尺度的不同直接导致侵权与否得判定，所以，美国在Festo一案的最终态度会影响到其他国家在等同原则上的判断，在这一点上，尽管中国现在商业方法专利还不是很多，但同样应当给予关注。
1） 直接侵权（Direct infringement）与间接侵权（In-direct infringement）
互联网上的专利侵权可能会涉及到多方行为人。假设一项电子商务交易过程涉及到一个终端用户（customer），一个中心服务商（在整个过程中也可能会涉及到多个服务商server），一个分配或制作中心distributor),涉及的主体有可能在不同的国家。通常专利权人希望在撰写权利要求时将上述所有主体在未经允许使用的情况下都锁定为侵权人，至少要锁定那些有赔偿能力的商家（business operator or manufacturer）身上。理想状态是将上述主体均包括在直接侵权的范围里，同时这些主体也逃不掉间接侵权的责任。在日本2001年11月举办的SOFTIC国际会议上，美国学者Professor Wegner 在其报告中详尽的分析了直接侵权人和间接侵权人分别处在国内外的不同情况[33]并探讨了不同情况权利要求的撰写模式。例如：用户－服务商－分配商模式（Customer－Server－Distributor Model）以及单个主体均构成直接侵权的模式[34]。但笔者认为，无论这两种情况的那一种权利要求都是非常难以撰写的，即使写出来，也很难获得审查员的通过，这样的权利要求已经有专利权无限膨胀之嫌了。
大量的商业方法发明被申请或授予了专利，这还不能说法律已经开始提供有效的保护，当多数商业方法侵权诉讼发生后，我们才能真正看到
专利法在保护商业方法软件上的价值取向。尤其在大陆法系国家，这种法律上的反映通常远远滞后于技术的发展。而在美国这样的判例法国家，即使已经有著名的法院判决引导法律保护的取向，但是判例法的摇摆不定也早已有之，Festo一案的未决就是例证。
当事人请求法院裁判案件的目的是获得充分合理的救济，因此，判决的执行成为整个网络司法管辖权的焦点之所在。如果法院的判决在别的国家和地区得不到承认和执行，当事人的权利得不到有效的救济，法院对管辖权的判断和法律适用就失去意义》，反之，任何一个权利人都可以在希望管辖的国家起诉他国侵权人，在具体的法律规定上，知识产权保护的地域性协调又是十分困难的，甚至会引起权利人严重滥用权利的后果，这将带来整个专利制度基础的改变，可见，专利侵权方面的国际协调还任重道远。
IV.中国的现状与对策
1.中国
专利法对保护客体的规定
中国
专利法虽然没有直接涉及到与计算机软件有关或与商业方法有关的发明是否给予保护的问题，但是根据
专利法第
二十五条、
专利法实施细则第
二条的规定可以得出：涉及计算机程序的发明要想获得专利首先应是一种新的“技术方案”。
