2．管辖
1）被告就原告”原则适用
在网络纠纷案件中，传统的“原告就被告”的这一原则开始动摇。法院为了保护本地权利人的利益，更多采取的是“被告就原告”的原则。
“被告就原告”的原则的行使前提是：被告的活动有意在法院地产生效果，由此推定被告有意接受法院地的管辖。这种原则在商业方法软件专利侵权案件中的适用表现在原告（权利人）所在地的法院对域外的被告（被控侵权人）行使管辖权。如果仅仅根据从法院地可进入涉嫌对原告专利侵权的网站这一事实，就得出原告所在地的法院可以行使管辖权的做法是缺乏法律依据的。这是因为：仅仅在原告所在地能够浏览到侵权网站不足以代表被告“有意指向”法院地的行为。而对于那种被告通过网络与法院地的原告订立合同、在当地开展“商业活动”的情况下，被告与法院地的联系除了网站的访问之外，还有更多的联接点，而这些联接点可以认为被告在事前“有意指向”法院地，这种联接点是确定管辖的重要依据。
在网络诽谤案中法院的做法是使用“效果原则”来判断管辖权的归属。 “效果原则”的三个条件是：第一，被告的行为是国际性的行为，第二是该行为指向法院地国，第三，该行为在法院地引起可以预见的损害。[26]如果按照这样的原则，对于互联网上专利侵权来说太容易满足“被告就原告”的条件了。
目前还很难说，“被告就原告”原则已经成为美国法院审理涉及网站案件时所遵循的一般原则。但是，美国法院为了保护本州居民的利益，已经有倾向于扩张原告所在地法院的属人管辖权的趋势。这种扩张被有些学者称为“适度的扩张”。[27]然而，我们也应当看到这类实践不利的方面。由于法院适用属人管辖权的原则放松，导致网络案件中出现了大量的“缺席判决”。而由于知识产业分布不均衡及不合理的国际分工的存在，在跨国知识产权纠纷中被告往往集中在发展中国家，而发达国家则更多为原告，这更会让法律失去他的公平性。
美国法院对Internet案件的管辖权问题尚处于摸索阶段，还未形成成熟的理论。目前这方面的案例主要限于初审法院的判决，最高法院对此还没有定论，但美国法院将长臂管辖权扩张至Internet案件中已成事实。
2）．网址作为管辖基础的可能性
域外被告在原告地国注册了网络服务地址是否意味着他已经与原告地法院建立起法律所要求的“最低程度的联系”了呢？众所周知，美国是互联网的发源地，互联网地址的注册至今由美国的一个机构来管理。如果被告在美国的IACNN注册了一个顶级域名，然后在这个域名服务器下使用了美国一家公司的商业方法软件专利，专利权人可否在美国起诉？笔者目前还没有找到在专利纠纷上有关的案例。但是在前述的美国CNN诉中国的cnnews.com域名纠纷一案中已经被认可。该案中法院以当年cnnews.com原域名注册人与中国的美亚公司受让此域名的登记证书在佛吉尼亚法院备案为由认为该法院有对物管辖权（？？？），并且认为，即使该证书没有保存在佛吉尼亚法院，由于域名的登记地点也在该法院的辖区内，该法院同样有管辖权[28]。
这样下去的结果实在是太危险了，法院实际上助长了域名持有人滥用权利。而这一问题也会在未来的商业方法软件专利纠纷中体现出来。
3）侵权行为结果地原则的适用
在传统的属地管辖原则中，一般以“侵权行为地”为主要管辖依据。“侵权行为地“原则又分“侵权行为实施地”和“侵权行为结果地”原则。对于互联网上的侵权行为来说，“侵权结果地”几乎是任何有网络联通之地。仅就这一点，足以使得网络侵权的管辖达到了可以随法院任意解释的地步。这在中国发生的一些有关知识产权侵权的案件中已经反映出这一趋势[29]，而在2000年12月颁布的《最高人民法院关于
审理涉及计算机网络著作权纠纷案件适用法律若干问题的解释》中被进一步明确为：“网络著作权侵权纠纷案件由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。侵权行为地包括实施被诉侵权行为的网络服务器、计算机终端等设备所在地。对难以确定侵权行为地和被告住所地的，原告发现侵权内容的计算机终端等设备所在地可以视为侵权行为地。”在这里，“侵权行为地”解释为“实施被诉侵权行为的网络服务器、计算机终端等设备所在地”，即侵权作品通向网络的临界点和实施侵权操作的计算机或服务器的实际所在地，这种解释实际上指的是“侵权行为实施地”。而当运用上述方法难以确定管辖法院时，发现侵权内容的所使用设备的终端所在地即可视为侵权行为地，即“侵权结果发生地”。
这一《解释》实际上确定了“网络著作权案件以被告所在地、侵权行为实施地为主、侵权结果发生地为补充的管辖原则，如果难以确定，则可向发现该抄袭行为的计算机终端设备所在地法院起诉。问题是要原告证明侵权行为结果地发生在原告之处相当容易，所以，也可以说这些原则又可能被“被告就原告”的原则所替代。中国目前还没有发生网络专利侵权的案例，上述司法解释仅对著作权的案件适用。但预计，如果有专利案件，法院也极有可能比照适用著作权侵权管辖的原则。
3.专利侵权的认定
互联网上的专利侵权涉及到的管辖和执行问题已经让人们头痛不已，而在法院审理专利侵权时实体法的适用也面临着挑战。
1）等同原则（Doctrine of equivalents）适用的困扰
在专利侵权的判断原则中，等同原则的使用经过几十年的发展已趋成熟。但是，等同原则主要适用于针对机械、化学或组合物的侵权认定上，对于商业方法和计算机软件专利来说，由于存在许多不确定因素，其适用性遭到质疑。
首先，许多商业经营理念在传统的模式中已经被广泛使用，大量在先商业方法的存在，对于将这些“在先技术”通过计算机软件运行在互联网上而构成的专利来说，是否与那些“在先技术”构成了等同。依据日本专利局的审查标准仅仅将传统商业方法软件化是属于“非常容易的发明”（Inventions which could be easily invented based on publicly known business methods ）[30]，不具有创造性。但是，由于“在先技术”资料的缺乏，可能在审查中不能发现问题，而让这样的专利申请极易获得通过，这会给日后的专利侵权诉讼埋下许多隐患，大量的商业方法专利人在使用自己的专利时极易落入到与“在先技术”的实质等同的范围。
