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可以说，商业方法的专利保护不仅仅是一个法律的问题，它的背后潜藏着巨大的国家利益，国家利益和经济扩张是目前专利大国扩大商业方法软件专利的深层原因。
5．争占BMP的制高点――大公司垄断地位的形成
无论在具体保护上还存有多少争议，市场竞争不允许等待，错过了专利申请机会就没有下次，专利的“先申请原则”（principle of first to file）已经充分显示了市场竞争的残酷性。在BMP战略上这一竞争显得更为激烈，因为它的竞争地点在互联网，其地域的广泛性、时间的快捷性、独占权利的扩大性使得传统专利的三个特性显得更为淡化，换句话说，专利权人的权利比以往更为强大。有这样一个好的前景，不论政府的行动如何，商家是不会放过的。且不论这类专利申请的目的是否有十分明确的市场既得利益，也不论今后发生侵权能否得到侵权救济，单就“抢滩占位”已经足够吸引哪些财大气粗的商家去将电子商务中的基础技术归于囊中。所以，我们看到，有经济实力的企业已经相当敏捷的加入到BMP的队伍中，其速度之快，涉及的领域之广令人刮目[21]。
如此高涨的BMP申请热情，对于企业来说决不是心血来潮。申请专利需要巨大的成本开支，这对小公司来说是很有风险的。从美日欧三方专利局的申请中可以看出，BMP申请主要集中在少数大公司中，他们不但在商业方法的技术上先行一步，具有极强的技术竞争实力，同时也有强大的经济实力使他们能够承担巨额的专利申请费用，可以承担在专利申请被驳回与权利搁置不用的风险。法律的变革受到了高科技产业的欢迎，哪些实力强大的公司靠着专利保护将会在未来的电子商务领域中形成了新“巨无霸”产业。他们更注重的是一旦在某个领域捷足先登，就意味着在互联网空间有了制定技术规则的权力，而在将其专利以技术标准的面目出现的话，就有了全球许可的机会，或许现在存在的侵权现象有可能还是培育市场的绝好途径，20年的专利保护期足以让他们在市场发育良好之后坐收专利许可使用费。互联网上的 “跑马圈地”政策会给专利权人在未来全球电子商务贸易中带来战略上的竞争优势，“后发制人”的效力不可估量，难怪这场商业方法软件专利“大战”被认为是新的西部“淘金”。
II.商业方法软件的专利侵权
I. 域性淡化带来的问题
专利权原是具有相当地域色彩的独占权，在巴黎公约中确定的国民待遇原则、独立保护原则、优先权原则都是以专利具有地域性特征为基础的，正因如此，才使得各国有可能依据本国的科技、经济发展状况制定相应的专利保护策略。尽管在WTO框架下，确立了国家之间保护知识产权的共同准则，但司法独立仍然是基本原则，这无论是发达国家还是发展中国家都没有异议。但是，随着互联网的发展和迅速普及，骤然使国界变得十分模糊，对于商业方法软件专利来说，多数情况下被使用在互联网上，这些技术被使用的范围无法用传统的国家概念来界定，它覆盖了整个虚拟空间。 一方面，使得基于地域性保护的专利权人对于互联网上的侵权行为产生了莫大的无奈，另一方面，近年来也有司法管辖在网络上扩大到域外的案例产生，向专利保护的地域性理论发出了挑战。
类似的诉讼已经发生。持续近一年的美国CNN公司与中国的cnnews.com域名纠纷中突出的反映了这个问题，最近，美国佛吉尼亚东区法院对此案做出一审判决，判决中国的cnnews.com域名构成对美国的CNN商标的侵害[22]，其中一个理由就是中国公司在网站cnnews.com上以中文文字提供新闻服务构成了在美国的商业使用，因为在美国有许多熟知中文的人可以通过互联网享受到这样的服务,所以构成了美国法律上的商业损害。按照这样的结果是否可以得出推论，一国授权的软件专利被他人通过另一国家的服务器未经许可在互联网上使用可认为在授权国受到了专利侵害？还有管辖问题，是否能认为在美国ICANN公司下面注册的国际顶级域名公司都自动接受美国佛吉尼亚东区法院的管辖呢？对于审理外国知识产权的案例已经发生在日本。1999年4月22日由东京地区法院判决的“Card Reader”案件,涉及到一家日本公司（Akira Fujimoto）在美国的专利技术被另一家日本公司（Neuron Corporation）在日本使用而主张专利权被侵害的案例，尽管此案与商业方法软件专利侵权没有直接的联系，但其性质有相似之处。日本法院驳回了原告的诉讼请求，认为原告不能适用美国专利法在日本法院诉讼，但法院还是依据美国专利法271条（b）或（c）阐述了理由，有观点认为，日本法院已经在进行实体审而不是程序审了[23]，从而引出一国法院能否适用外国法律判定专利侵权问题。
如何处理专利保护地域性和互联网上的专利侵权问题其实是商业方法软件专利保护的难点所在，在IIP的在先研究报告中已经被一些研究者所关注 [24]。人们将希望寄托在《司法权限与外国审判海牙协定》（草案）（Hague Convention on Jurisdiction and Foreign Judgments）的制定，但解决这一问题需要的国际协调决不是一朝一夕可以完成的，并且，在发达国家与发展中国家之间存在着天然的矛盾。
我们不会对海牙协定过于乐观，因为这涉及到了太多的国家，国家之间的法律差异很大。2000年法国地方法院要求美国雅虎网站停止通过国际拍卖网站向法国人出售纳粹物品，就引起了不少恐慌。雅虎并没有过滤不同国家的用户，相反，采取的措施是在网站上禁止该类物品的拍卖。这样一来，法国的判决等于实际上强加给了其他国家的公民。海牙协定本质上是希望达到这样的效果――令该类判决在国际上拥有了合法性。
海牙协定也许会有更负面的影响――破坏电子商务的发展。各个公司宁愿阻止来自有其他国家的互联网用户进入自己的站点，也不愿意服从别国的法律。法国与德国的法院都已给出了这样的暗示，都试图想让不属于国境内的外国网站来遵守自己国内的法令；意思就是告诉网站经营者要设法不要让他们的国民进入你所经营的网站。[25]。
毫无疑问，互联网需要法律调节与控制。但是如何让不同的法律体系与互联网吻合起来，还是一个非常大的难题。
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