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第四，欧盟的决策机制具有两大特点：（1）在事关国家根本利益的问题上，欧盟的决策实施协商一致的原则，保证每个成员国的否决权；（2）成员国在马约谈判中否决了单一体制的“树形”结构而采取了多元体制的“柱形”结构，其意图就在于不将涉及国家主权核心的外交、安全防务、司法、财政等事务交给欧盟处理；马约还在欧共体条约中特地写入所谓的“辅助性原则” ，即欧盟应在条约赋予的权限和目标范围内开展活动，在欧盟专属权限范围外，只有在某项目标由成员国难以有效达到、而由欧盟能更好地实现时，欧盟才能采取行动。这两个特点维护了欧盟成员国的独立性与平等性。
欧洲联盟是其成员国为了在竞争日益激烈的国际社会中处于更有利的地位，不被它国所控制而建立的。欧盟各国在经济方面互利合作、共求发展，在外交和安全方面却联而不合、各自为政，依然维持其主权尊严。买卖以利为胜，互利则成交，并不涉及国家主权的核心；外交和安全则是国家主权的内核，谁也不肯轻易放弃 。而且，各国清楚地认识到“现在大多数欧洲联盟成员国的政策都越来越把焦点放在本国的利益上” 。
综上，在正常情况下国际组织不会也不可能损害国家主权，更不可能替代主权国家或与之平起平坐。
2、少数情况下，国际组织的行为损及国家主权，而其始作俑者往往并非国际组织本身。
倘若某国际组织，特别像联合国这样的重要政府间组织，行使了超越其章程的职权，这就不仅违反了包括该组织的组织法在内的国际法，而且会对国家主权造成损害或带来威胁 。例如联合国在索马里的维持和平行动、派出观察团对海地进行选举监督、在伊拉克北部设立“安全区”和“禁飞区”、在前南斯拉夫共和国设立六个国际“共管区”等，均未征得这些主权国家的同意，明显违反了《联合国宪章》规定的主权国家邀请，只负责监督停火以及不干涉内政等原则和规则。
从表面看来这是国际组织侵犯了一国的主权，但深究下去就会发现这种行为仍是某些国家意志的体现。譬如，在国际组织中，一般性事项需过半数成员同意，重大事项则需绝大多数成员同意，甚至要求全体一致，于是当一个国际组织的决议事项超越其章程规定的职权范围而侵犯一国主权时，与其说是该国际组织侵犯主权，还不如说是多数国家共同侵犯了某一国家的主权。又譬如，某国际组织在少数大国操纵下做出的超越章程的行为，如在美国操纵下的联合国在索马里的维和行动，与其说是该国际组织侵犯其国家主权，还不如说是少数大国以国际组织为幌子，以集体安全为借口了干涉他国的内政。
这种不正常情况下国际组织对国家主权的损害或威胁，其深刻根源在于当今的国际社会仍然不是一个公正、和平的社会，强权政治、霸权主义依旧存在。从某种意义上来说，西方学者鼓吹国际组织的发展削弱、侵蚀了国家主权，实际是为少数大国干涉他国的内政找一块“遮羞布”，为少数大国侵犯他国主权寻找借口。
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