尽管如此，反对器官移植的也大有人在，主要认为器官移植有太多的功利主义色彩，违反了传统的道德观念。特别是对于像多器官联合移植，大脑移植，异种移植这些尚待开发和改进的领域，公众接受的程度更低。例如前面提到的瑞士进行的换头术，那个“合并人”的性别该如何确定呢?按照“性器官特征决定性别”这个当今无可怀疑的生物学定理，“合并人”毫无疑问当属女性。然而根据“性行为和性意识的支配和调节中心是大脑性中枢”这一不容置疑的现代“性医学原理”，“合并人”又应是男性。那么，“合并人”到底是男性还是女性呢?而且更进一步的问题是，躯干和大脑到底谁是供体，谁是受体?社会关系的主体资格和法律关系的主体资格应由新生命的那一部分来决定?脑决定个性，生殖系统决定遗传，子代将具有生殖系统遗传的特征，究竟应以身体的哪一部分为新生命确定身份呢?所有这些问题的模糊性和歧义性，使大脑移植的伦理认同变得非常困难。世界移植协会道德伦理委员会已明确表示，反对人脑移植的临床研究。
除了上述情况以外，器官移植的高费用引起的社会不公正也是一个争论的焦点。众所周知，器官移植的费用很高。肾移植约需3万美元，心脏移植10万美元，肺脏移植8万美元，肝移植10—29万美元。如果加上术后的护理费，监测费，康复费和随访费，实际上远远超出这个数目。这牵涉到卫生资源的宏观分配问题。在世界经济普遍紧缩的情况下，如果需要接受器官移植的病人过多，需要数十亿乃至上百亿的费用，这对任何一个国家都是一个沉重的负担。同时，如果在器官移植上所花费用过多，就会影响到其它医学研究领域，如对癌症和艾滋病的研究，新的疫苗的研制等等。的确，需要接受器官移植的病人是如此之多，终将使社会不堪重负，尤其是对于不发达国家来说，放弃器官移植可使社会将有限的资源用于其他急需之处，这有利于社会的发展。这些都是客观情况。但是，这些考虑能否成为反对器官移植的理由呢?我认为不能。理由很简单。社会的发展、繁荣和富强终究是为了人，而且不是为了哪一个人或哪一部分人，而是为了每一个人或所有的人。为了一些人的利益(哪怕是最大多数)而使另一些人(哪怕是极少数人)得不到应有的合理治疗，永远不能得到道德上的证明。我们甚至不可能有正当理由用监狱中的犯人来做实验以促进大多数人的利益。
实践表明，器官移植是挽救脏器衰竭病人的行之有效的手段。当一个人生命垂危，而器官移植是挽救病人的唯一方法时，考虑器官移植是适宜的，也是充分的和可行的。病人的生命是第一位的，其他的考虑都在其次，只有这样才能促进社会的稳定和发展。迄今为止，全球各类器官移植手术进行了几十万次，挽救病人于濒亡，功不可没。现在世界上大多数国家都能开展某种器官移植手术，并没有因为费用昂贵或害怕道德阻力而裹足不前，就是最好的证明。可以预言，在未来的岁月里，器官移植技术将得到稳步地发展，为促进人类幸福做出应有的贡献。Ⅱ传统的
刑法不足以应付器官移植中出现的新问题，使器官移植的研究和临床应用都受到极大的限制。另外，由于法律规定的不明确，人体器官也有被滥用的危险。这就需要制定一些新的有约束力的法律文件，使所有从这种新技术中可能得到的利益都必须局限在正当目的和法律程序所要求的限度之内。就目前而言，器官移植至少应遵守以下条件：
1活体器官的采集必须得到捐赠人的明确同意。器官采集涉及供体及其亲属和医生三方之间的关系。为了最大限度的保护捐赠人的利益，保证同意是在真实自愿的基础上做出的，“知情同意”应成为器官移植中的一项必经程序。知情包括对捐献目的和器官摘除手术的危险以及摘除器官后对健康的可能损害的一系列后果的明晓。对于不可再生的器官或物质的移植，以及(或者)其丧失足以导致生命危险或者严重健康损害的器官或物质的移植，必须进行特殊的危险和效益的评估。医生有告知捐赠人全部真实情况的义务，如果违反告知义务而导致非真实的自愿捐献行为且严重损害其健康时，应当受到刑事处罚。因为从活的供体中摘除一只健康的器官，显然会给供体造成很大的伤害甚至引起死亡。对于捐献者来说，他除了因提供器官而救活一个人得到精神上的满足以外，得不到其他任何好处。况且即使捐献了一只器官，也不能保证受体一定存活和健康地生活下去。在这种情况下，对器官移植的风险与效益作出正确的评估就显得尤为重要。
