根据法制的统一性要求，行政与司法应当保持一致，而且行政调处纠纷的裁决，并非最终裁决，最终裁决权归于司法。否则，法律所维护的社会价值也必然出现矛盾或分歧。在目前医疗事故鉴定体制下，在行政权力范围内组织鉴定机构并授予鉴定的权力。从形式上看似乎是合法的，但它实质上却不符合现代法制的要求。
目前的医疗事故鉴定体制是集体鉴定制，而不是专家个人鉴定制。按照诉讼法学的规定，技术鉴定应是专家以个人的名义参加诉讼活动，提供专家证言行为。以鉴定委员会的名义出具鉴定结论，在形式上就回避了鉴定参与人的法律责任和义务，剥夺了被鉴定当事人提出异议和追究伪证责任的权力。鉴定是对客观事实的认定，是一项法定的科学研究活动，在科学面前只有是与非，而不存在少数服从多数。实行集体鉴定制的目的诚然是排除个人鉴定通常存在的个别倾向性引起的失真问题。但是，依靠集体鉴定来排除个人倾向性失真就必须有较个人鉴定更为严格的保障条件。即：一、鉴定委员会每一位成员都能够保持主动和独立的判断与意思表达，而不受个人感情、利益以及其他非技术因素的影响。现行的三级医疗事故鉴定委员会均由同级卫生行政管理机关管理，卫生行政管理机关在处理医疗事故纠纷中既行使行政裁决的权力，又担负着技术鉴定的管理，其意志不可避免地要导向鉴定委员会的鉴定工作。“鉴定委员会人选，由卫生行政管理机关提名”，“由主治医师、主管护师以上医务人员和卫生行政管理干部若干人组成”《
医疗事故处理办法》第
12条，国务院，1987年6月29日。，由此产生的鉴定委员会成员显然存在着被管理和职业上的共同性，工作中容易产生从众心理，况且部分委员(或绝大多数委员)的工作、职称、住房等具体个人利益直接受到卫生行政机关的管理，因此鉴定委员会的意志极易受卫生行政管理机关的影响，出现共同的主观倾向。虽然“鉴定委员会可邀请法医或有关专业人员参加鉴定工作”《
医疗事故处理办法》第
12条，国务院，1987年6月29日。，但是在集体鉴定体制下，其意见通常被作为少数意见而被排除。二、必须有更加强有力的监督机制。现实中，由于医疗卫生专业本身的特殊性，导致其他行业人员对其监督相对困难。医疗机构一旦出现医疗纠纷，由卫生行政管理机关管理的医疗事故鉴定委员会对在该机关辖区内直接行政隶属或业务管理的医疗单位的医疗行为进行鉴定，他人更是难以进行监督。而且这种包含着类似“父子”关系的鉴定体制，是直接产生腐败的温床。虽然
《办法》规定，医疗事故鉴定实行三级鉴定体制，其目的是为了防止下级鉴定委员会的倾向性，导致鉴定结论失真。但是由于三级医疗事故鉴定委员会均存在共同的体制上的问题，也不能保证上级的鉴定结论就不失真。前述案例已显见一斑。实践证明三级鉴定体制无法从根本上解决问题。按照证据学原理，鉴定结论既然是证据，其客观性就不能因鉴定人的级别不同而出现差异。因此，三级鉴定模式与证据学原理相悖。
