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在WTO法律体系中，协议中的《技术贸易壁垒协定》与《良好行为规范（TBT）》与ISO14000系列标准的关系特别密切，《技术贸易壁垒协定》鼓励签约国采用ISO国际标准。在实践过程中涉及国内法与国际法的关系问题。这是国际法学第一个基本问题，具体而言涉及到各国标准之间的协调，各国标准与国际标准之间的协调，尽管ISO系列标准强调，它的组织必须承诺遵守所在国家或地区的有关法律、法规和其他要求，但ISO系列标准仍有可能与所在国的环境法律、法规和标准产生矛盾。目前，最简单的方法是向企业发放适合本国国情的“ISO14000系列标准认证证书”，但是这种认证证书很难具有可比性，某些发达国家可能指责某些发展中国家的认证证书是假的或不符合ISO14000系列标准规格的认证证书，这会引起过国与国之间新的矛盾，如果各国都发放适合本国国情的认证证书，ISO14000系列标准也就失去了本身的意义。如果某些国家或国际组织对一些国家发放的认证证书进行重新审核或实行国际统一认证，或不承认某些国家发放的认证证书，这样也会产生国际组织与国家或国家与国家之间的矛盾。
但是应该明确ISO14000系列标准本身是一种国际标准，并不是抛弃各国国内的环境法律、法规和标准的实施，通过实施国际性的ISO14000系列标准来实施各国的环境法律、法规和标准，必然促进各个国家之间的环境法律、法规和标准的相互协调，促进国内法与国际标准的接轨。
六、反补贴中的环境保护豁免
根据乌拉圭回合达成的《补贴与反补贴措施协定》第一条的规定，补贴是指在某成员境内有某一政府或任何公共机构向某些企业（具有专向性，指一个企业或产业或一组企业或产业）提供财政支持，任何形式的收入支持或价格支持，以及由此给予的利益。［８］补贴是一种重要的非关税措施，它的形式千变万化，具有不透明性，是一国政府以人为方式扭曲或改变国际市场竞争地位的方式，是国际贸易中的一种不正当竞争手段，在很大程度上可以被利用为实现贸易保护主义的工具，成为国际贸易中的非关税壁垒。因此，必须予以限制，如价格承担，征收反补贴税，缴纳反补贴保证金等。
但是协定并没有一般地限制政府补贴，政府有权为了达到国民经济平衡发展的目标用财政手段主动扶持某些企业和限制某些企业。因此《补贴与反补贴措施协定》将补贴分为三类：禁止性，可申诉，和不可申诉的补贴。不可申诉的补贴指各成员方在实施这类补贴措施的过程中，一般不会受到其他成员方的反对或因此采取反补贴措施。
对环境保护的补贴，《补贴与反补贴措施协定》界定为仅限于为适应新的环保要求，扶持改进企业现有设备而提供的一次性的补贴，并且在数额上不得高于采用环保要求所需费用的２０％。这种补贴，即使具有专向性，仍属于不可申诉的补贴。
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