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随着人类基因测序工作的完成，基因图谱把每个基因在人体里的作用一一标示。人类不仅有了干预基因的能力，而且这种干预能力在不断地增强，基因治疗技术也因此而提高。因为基因治疗技术涉及人之所为人的本质，它必然冲击以往被我们视为理所当然的价值规范，迫使我们重新考虑这些价值规范的内涵。种系基因治疗对传统伦理的冲击非体细胞基因治疗可比，更非一般的治疗措施可比。一般说来，种系基因治疗的伦理问题主要体现在以下几个方面：
1、 具有未知且可能无法挽救的危险
就各国法律对基因治疗的规范情况看，技术的安全性和有效性是目前各国反对进行种系基因治疗的最主要原因之一。从某种意义上说，现阶段的基因治疗所使用的基因转植技术非常“原始”，只能做到“添加”， 即利用各种技术，将细胞发挥正常功能所需的基因，尽量送到目标细胞中。至于基因是否会进入目标细胞、有多少基因进入目标细胞、是否融入宿主基因组中、是否发挥应有的作用，甚至运送外源基因的病毒载体在多大程度上可能会发生反应等问题，现在的技术仍然无法控制，更不用说要把外源细胞融入它所应该融入的位置。但是，如果基因安放的位置不当，不仅无法发挥正确的功能，还可能诱发病变，引发突变或启动致癌基因。1999年美国宾洲大学生物医学研究中心在给18岁的患者杰西实施临床治疗实验时，就因为外源基因没有达到目标细胞，而其病毒载体却发生作用而导致杰西成为世界上第一个直接由于基因治疗而死亡的患者。当然，任何一种治疗方式都是有风险的，但从前面关于种系基因治疗的解释中我们知道，种系基因治疗的副作用不只是影响接受治疗的个体，更关键的是它还会延续到后代，可能会对后代造成不可预见的影响，给未来的人类演化增加风险。而且，基因若不能融入恰当的位置，就可能在第二代以下进行减数分裂时被移除，无法稳定地传至再下一代，它所具有的使患者后代永远免除痛苦的治疗效果也化为乌有。在社会无法清楚掌握基因治疗风险的本质时，基因治疗所衍生的风险意识自然成为影响科学发展与社会接受可能性的障碍。
2、侵犯后代人权
按以往的思维，一个物种的改变要经过几千年几万年，今天的人类就是由700万年前的直立人猿进化而来的。而人类的身高、体型、聪明才智也是经过几万年才发展到现在的状况，但由于基因重组，将来的人类进化可以在实验室瞬间完成， 这多少让人难以接受。特别是对具有某种宗教信仰的人来说，这是违反人类本质的行为。
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