2、行政部门
在
专利法与品种权法分立的国家，专利权与品种权的授予是又不同的行政部门负责的。例如：英国专利局是授予专利权的行政部门，其是贸易及工业部下的一个政府部门。同时植物品种权是由植物品种权办公室负责，它是农业、渔业及食品部的一部分。欧洲专利局授予的一件欧洲专利实际上是各成员国专利组成的一组专利，因此欧洲专利的无效、及侵权诉讼均由各成员国法院管辖。对于欧共体层次的植物品种权即共同体植物品种权的授予是由共同体植物品种局（CPVO）负责。它是共同体的一个机构，所以对其申诉委员会的决定不服的，可以向欧洲初审法院起诉。
3、审批程序
在专利申请程序中，转基因植物专利申请按照普通的专利申请程序进行。申请时，申请人只需提交书面材料，由审查员对其进行审查，对符合授权条件的授予专利权；而申请品种权时，申请人不但需要提交书面材料，还要提供一定量的种子用于田间实验。该实验由独立的机构进行， 目的是得到关于该品种新颖性、奇异性、均一性和稳定性的数据，供审查员审查。
4、授权条件
专利权授予的条件是符合
专利法规定新颖性、创造性和实用性，并且申请人必须将其发明充分公开，使本领域的普通技术人员能够实施该发明。
品种权的授予条件是该品种必须具有新颖性、奇异性、均一性和稳定性 。
5、保护范围
专利的保护范围是根据其权利要求而定的。对于方法权利要求，在判断侵权时可以依据其直接得到的产品是否相同或等同来判断。根据98生物技术指令中第2章第8、9、10、11条，对有关生物物质产品发明的保护延及到任何通过繁殖或复制，具有那些相同特征，从该生物物质衍生得到的相同或不同形式的生物物质；对有关生物物质的方法发明的保护不但延及到该方法直接得到的生物物质，而且，延及到任何通过繁殖或复制，具有那些相同特征，从该生物物质衍生得到的相同或不同形式的生物物质。这一规定在EPO新规则中找不到相同的条款。相反，两者之间存在一些不同。根据EPC，产品专利的保护是根据其权利要求而定的，方法专利的保护延及直接由方法得到的产品。按照欧共体的指令，方法专利的保护不但要延及到直接得到的产品，而且还延及到非直接得到的产品，即衍生产品。
植物品种权的保护范围根据UPOV1991年的修改，对植物品种的保护延及到植物品种的繁殖材料，而且还延及到该植物品种的收获材料。更重要的是：根据UPOV1991第14（5）条，受保护品种的派生品种在一定的条件下也能受到保护。条约中同时给出了受 保护的派生品种的条件。
由于有关植物品种的非生物学方法专利的保护不能延及到植物品种本身，所以，专利权人与植物品种权人之间存在交叉许可的问题。对于这一问题，欧共体指令中提供了解决依据（第3章 强制交叉许可）。在EPC中没有类似规定，因为在EPC中，这部分内容是属于各成员国自行规定的。
