关于转基因动物，情况又有所不同。最主要的是没有一种类似“植物品种保护法”的途径来保护动物品种。因此，为避免植物品种权与专利权的重复保护，而不利用
专利法来保护植物品种的理由，在转基因动物的专利保护上不能成立。但是，从目前的法律条文，不论是EPO的新规则还是欧共体指令，都没有明确指出转基因动物本身的专利性。从有关转基因植物的专利性的案例来看，逻辑上的推理应当可以得到转基因动物也是可专利的结论，即使权利要求所确定的范围中可能包含动物品种。同时，转基因动物更多地涉及到道德和公共安全问题。在EPO的实践中，对于转基因动物是否落入EPC 第53（B）条的范围，EPO与申诉委员会的决定是不一致的。在“哈佛鼠”（9)一案中，EPO技术申诉委员会推翻了审查部门的看法，认为条约中“动物品种”的概念，并不含盖“动物”。并且认为，如果人类能从这样的转基因鼠的研究中，获得找到治疗癌症方法的可能性，那么即使让这些转基因鼠遭受了痛苦也是符合道德标准的。在审查部门重新审查后，认为该案中以方法定义的转基因动物可以授权，只要该权利要求不只是对某一特定的动物品种（16）。目前该案处于异议程序中，有待EPO扩大申诉委员会的决定。值得注意的是：欧共体生物技术指令第6条之二（d）中，从另一个角度支持了技术申诉委员会关于道德标准的观点。从该条中能推断出，如果不是为医学研究目的，而对动物的遗传特征进行改变后，有可能让动物遭受痛苦的话，那么就违反了该条的规定（15）。该条中所谓的“医学上的实质好处”是判断转基因动物是否符合道德规范的标准。按照欧共体指令前述部分第45条，其中的医学包括研究、预防、诊断和治疗，不论是对人还是动物。
4、人及人的胚胎
根据欧共体指令第5条之一，人体不论处在什么形成和发育阶段，都是不可专利的。第6条之二进一步具体地说明不可专利的有关人及人胚胎的发明创造，即(1)克隆人的方法，(2)改变人生殖细胞遗传特性的方法，(3)将人体胚胎用于商业或工业目的，(4)改变动物的遗传特性，这种改变没有给人类或动物实质上带来任何医学上的好处。EPO新规则第23（e）条则规定了与欧共体指令第5条之一相同的内容。第23（d）条规定了与欧共体指令第6（2）条相同的内容。
5、植物品种
对植物育种者权利的保护由来已久。第一个国际性植物品种保护公约于1961年在巴黎签定。根据该公约建立了国际植物新品种保护联盟即UPOV。尔后，该公约分别于1972年、1978年和1991年修改。目前批准的欧洲国家有比利时、捷克、丹麦、法国、德国、爱尔兰、意大利、荷兰、西班牙、瑞典、瑞士、英国、摩尔多瓦、保加利亚、俄罗斯。
欧共体参加了修订产生UPOV1991的会议，并且于1994年制定了关于共同体植物品种权的理事会条例（17）。 欧共体有关植物品种保护的立法是与UPOV1991一致的（18）。 因此按照关于共同体植物品种权的理事会条例的规定，所有的植物种或属，包括杂交，都纳入植物品种条例的保护范围。由于各成员国可能同时也UPOV的成员方，所以对于某一特定的品种只能选择其中一种形式来保护。根据UPOV公约1991版，植物新品种的区别特征不一定是表型特征。通过基因工程得到的植物品种同样可以受到品种权的保护。
