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在欧共体指令第4条之2中，与动物或植物有关的发明创造是可专利的，如果该发明的技术可行性不局限于某一特定的动物品种或植物品种。但是该条并没有明确指出所谓“与植物或动物有关的发明”是否也包括植物和动物本身。但在该指令的前述部分第30条指出植物品种是通过其整个基因组来定义的，并区别于其他品种。指令前述部分第31条则进一步指出，由某一特定的基因而区别于其他植物的植物组（the plant grouping)是没有被植物品种保护所覆盖的，因而是没有被排除在可专利的范围之外的，即使其中包含了植物品种。另一方面 ，根据指令前述部分第32条，即使一个植物品种是通过生物工程的方法得到的，该植物品种也是不可专利的。
在欧洲专利局的实践中，对转基因植物是否可专利经过了一个曲折的过程。1983年7月26日，EPO技术申诉委员会在对Ciba Geigy（13）一案的决定中指出：对某一类或属的植物（在本案中是作物）用化学试剂处理后的繁殖材料提出权利要求，只要不单独地对特定的植物品种提出权利要求，就不落入EPC第53（b）条的范围。在其决定书中还指出，没有给予品种权保护的新品种，只要符合授权条件，也是可专利的。这一点被后来的决定所否定。而1995年2月21日技术申诉委员会在Plant Genetic Systems（10）一案中认为， 转基因植物中至少包含了一个区别于其他植物的特征，而且能够一致地、稳定地传给后代，因此权利要求包含了植物品种，因而是不可专利的。尽管转基因方法得到的植物细胞属于非生物学方法得到的产品，但由此进一步得到的转基因植物本身却不是非生物学方法得到的产品，因而也不属于EPC第53（B）条后半句所说的例外。之后，EPO发布“关于生物技术发明的新规则”（7），其中的第23条C 说明生物技术发明应是可专利的，如果它们涉及：（a)生物材料，从自然界中分离出来的物质，或是通过技术手段得到的与自然界中存在的相同的物质；(b)动物或者植物，当有关发明的技术可行性不局限于某一特定的动物或植物品种；(c)微生物学的或其他工业的方法，或者由该方法得到的除植物或动物品种外的产品。前两款在欧共体生物技术指令中第3条之2，第4条之2，也用了几乎同样的表述。在EPO生物技术发明的新规则发布之后，关于转基因植物的专利性在Novartis AG （14）案中解决。欧洲专利局扩大申诉委员会认为：由单一的整合DNA序列来定义的植物不是一个独立的植物分类。只要权利要求中不单独对特定的植物品种提出，这样的权利要求不排除在可专利的范围之外，即使它可能包含有植物品种。 因此转基因植物在欧洲专利局成为可专利的（15）。同时，申诉委员会又认为，只要是植物品种，无论它是通过什么途径得到的，都落入EPC 第53（b）条的范围，被排除在专利保护之外，因此，通过基因融合技术得到的植物品种也是不可专利的。
在PLANT GENETIC SYSTEM一案（10）的异议程序中异议人认为，授予植物以专利权以及该专利的实施违背了公共道德和危害了公共秩序，因此依据EPC第53（a）条应予撤消。在申诉委员会的决定中，申诉委员会指出，一项发明是否违背了公共道德和危害公共秩序必须具体问题具体分析。不能因为一项发明中涉及到基因技术就认为比其他技术更容易违反上述原则。就植物生物技术而言，传统的育种家与分子生物学家都是由同样的目的所驱使。与传统技术相比，基因工程技术能更有效和准确地控制基因的改变。任何一门技术都可以被用于积极的和消极的目的。因此，申诉委员会不认为这样的专利申请违背了公共道德。至于其实施是否会危害环境，异议人没有提供充分的证据证明这一点。
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