2、DNA序列或基因
就DNA本身来讲，它是一个化学物质。其专利性涉及两个方面的问题。一是分离得到DNA序列或基因是属于发现还是发明；二是授予有关DNA 序列或基因的专利是否有违公共道德和安全。
欧共体指令第5（1）条指出，不论处在什么形成或发育阶段的人体，和仅仅是人体中某一成份的发现，包括DNA序列或基因片段，都是不可专利的。同时，该指令第5（2）条又指出：从人体中分离出来的，或通过技术方法得到的成份，包括DNA序列或基因片段，即使该成份的结构与自然状态下的一样，也可以是可专利的。并且，根据第5（3）条，该基因序列或基因片段的的工业应用必须在专利申请文件中公开。这个问题其实与“自然界中存在的化学物质是否具有专利性”的问题是一样的。后者在大多数国家的
专利法立法和实践都已解决。根据欧洲专利局的审查指南“找到一种未知的自然界中存在的物质属于发现，是不可专利的，但是如果能说明该物质产生技术效果，则是可专利的。”（11）也就是说，如果不仅仅是发现了某一基因，而且说明了其工业应用，则是可专利的。
这里存在争议的是，所谓EST`s（expressed sequence tags)的专利性问题，实质上是如何理解DNA序列的工业实用性。从实践中看，欧洲专利局在考虑工业实用性时，认为（EPC第57条）：任何发明能够被制造或应用于任何工业领域，包括农业，就应当被认为具有工业实用性。毫无疑问，EST能够被制造，并且至少能作为探针被用于实验目的。因此，按照欧洲专利局的标准，EST是具有工业实用性的。但是在欧共体生物技术指令前述部分第23条中指出，没有说明其功能（FUNCTION）的DNA序列不包含任何技术信息，因而不具有专利性。现在不清楚的是，是否仅仅公开EST可以用作探针就满足了指令所说的公开其功能的的要求。本人认为，指令中所说的“功能”与其应用是有区别的。因此有人认为（12）为了与指令协调，EPO会提高EST获得授权的标准。
对于授予DNA序列或基因以专利权是否违反社会公德和公共安全，应当具体考虑。在欧共体指令第6（1）条指出，任何发明的商业化实施如果违背公共道德和秩序，该发明应当是不可专利的。EPC第53（a）条也有相似的规定。同时，应当明确的是：授予专利权不是给予专利权人实施其发明的权利，而只是给于其禁止权，即权利人有权禁止他人未经其许可而实施其专利的行为。
3、转基因植物和动物
无论根据EPC第53（b）条还是指令第4条之1（a），植物和动物品种都是排除在可专利的范围之外的。那么转基因动、植物呢？
关于转基因植物的专利性主要考虑是否落入EPC第53条之（B）的前半句。而其中又可分解为两个方面：（1）转基因植物是否落入植物品种范围，而被排除在
专利法之外；（2）相反，生产转基因植物的方法是否不落入“主要是生物学的方法”的范围。
前面已经指出了关于植物品种在欧共体指令和EPO的新规则中都有定义，即已知最低一级植物分类单元中的一个植物分类，不论是否完全满足授予植物品种权的条件，能（a）通过某一特定的基因或基因组合的特征的表达来定义；（b）由于表示至少一种所说的特性，而区别于任何其他植物分类；（c）经过繁殖后其适应性未变，被认为是一个分类单元。有关基因工程的发明创造所关心的不是植物的整个基因组，而是着重于对某一个片段的改变。转基因植物往往指的是所要求保护的植物具有至少一个特征使它区别于其他植物，而不局限于某一植物品种。
