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另一方面，欧洲专利局（EPO）也在根据自身的实践和欧共体立法的状况，对欧洲专利条约的实施细则进行修改。最重要的是1999年9月1日生效的EPO生物技术发明新规则（7）（以下简称EPO新规则）。该规则对与生物技术有关的一些重要概念、生物技术发明的专利性以及保藏做出了规定。需要注意的是，欧洲专利条约不是属于欧共体法律的一部分。它是一个传统的国际条约，并且签署欧洲专利条约的成员国并不都是欧共体的成员国。欧洲专利局也不是欧共体的机构，但是由于绝大多数欧洲专利条约成员国是欧共体成员国，所以，两者在很多方面是一致的。而且在EPO新规则中也指出：欧共体指令应当作为解释本规则的补充手段。在2001年2月公布EPO审查指南第C部分第4章第2节中，就大量地引用欧共体指令作为依据。
另一个欧洲范围内的知识产权机构是欧共体植物品种局（COMMUNITY PLANT VARIETY OFFICE ）简称CPVO，它是欧共体下属的一个机构，参与了UPOV公约1991年的修改工作。在UPOV公约（1991）中，可获得植物品种权的植物新品种的范围扩大了，包括通过基因工程的方法得到的新品种。
从欧共体有关生物技术的立法状况来看，是符合TRIPS第27条之三的。
不论是欧共体指令（第3条）还是EPC（第52（1）条）都指出，任何发明创造如果符合新颖性、创造性和工业实用性，就应当被授予专利权。另一方面，又都排除了一些不可专利的主题。例如欧共体指令第4（1）条、EPC第53（b）条排除了动植物品种的可专利性；EPC第52（2）、（4）条排除了计算机程序和疾病的诊断和治疗方法的可专利性。另外欧共体指令第5（1）条、第6（1）、（2）条，以及EPC第53（a）条，考虑到公秩良序，伦理道德等因素，排除了某些有损人的尊严，危害公共安全的发明创造的可专利性。对生物技术的专利性而言，就集中在是否具有工业实用性、是否属于动植物品种、是否违反公秩良序和伦理道德？
二、有关生物技术法律保护的几个重要概念
1、生物材料
根据欧共体生物技术指令第2条第1项（a）的定义。生物材料是指任何包含有遗传信息并能自我繁殖或在一定的生物体系中被繁殖的物质。按照这一定义下列物质均包括在其中：微生物、DNA序列或基因、蛋白质、转基因植物和动物及其繁殖材料、植物品种和动物品种及其繁殖材料等等。同样在EPO新规则中也给出了同样的定义。尽管按照上述定义，蛋白质也是属于生物材料，但其专利性问题在化学物质成为可专利的主题后已经解决。
(2)生物技术发明
EPO新规则第 23b(3)条和欧共体生物技术指令第3条第1款给出了同样的定义。 生物技术发明是指涉及包含有生物材料或由生物材料组成的产品， 或涉及生物材料的生产、处理或利用方法的发明创造。
（3）微生物学方法
根据欧共体生物技术指令第2条第1项（b）的定义：指任何涉及、利用或产生微生物物质的方法。 EPO新规则第23b(6)条给出的定义是相同的。
（4）生产植物或动物的生物学方法
欧共体生物技术指令98/44/EC第2条第2项说明了什么是实质上的生物学方法，即整个方法都是一种自然现象，如杂交和选育。 EPO新规则第 23b(5)条给出了相同的定义。
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