（二）机构设置重叠
目前，我国具有鉴定权的机构有四类：一是公安机关、国家安全机关、检察院和法院设立的鉴定机构；二是经司法行政机关批准设置在科研机构和政法院校的鉴定机构；三是非司法机关设立的鉴定机构，如医疗卫生委员会下设的医疗事故鉴定委员会、劳动局下设的工伤事故鉴定委员会；四是政法部门指定的医院。这种过于分散的鉴定体制产生了以下弊端：a、多次鉴定，增加了诉讼成本，重复设置，造成了鉴定资源浪费；b、鉴定结论的效力级别混乱，不同鉴定机构就同一问题作出意见相反的鉴定结论，证明效力的确定无章可循；c、鉴定程序、鉴定标准不明确、不统一，其直接结果是同一案件、同一问题出现多份差别很大，甚至相互矛盾的鉴定。
（三）运行机制混乱
首先是不同系统、不同层次的司法鉴定机构之间受理鉴定的范围不明确。这主要是因为没有一套科学完备的有关鉴定受理制度。在司法实践中，各系统各层次的鉴定机构的鉴定受理工作普遍存在着随意性、混乱性和重复性，只要有送鉴的，不管自己有无鉴定权，不管有无办案机关的委托信，也不管是否属于自己管辖区域和是否有能力鉴定，更不管是否进行重复鉴定，只要有利可图，就来者不拒，造成当前鉴定工作混乱无章，各鉴定机构之间相互扯皮，对案件的起诉和审理产生了负面效应。
其次，鉴定过程缺乏必要的监督，英国著名史学家阿克顿提出：“权力导致腐败，绝对的权力导致绝对的腐败”。当一种权力缺少另一种权力制约的时候，就容易出现权力的滥用。我国各类司法鉴定机构都是在无任何监督的情形下进行鉴定。尤其是司法机关内部的鉴定机构，行政从属性较大，很容易作出倾向于自己所属机关的鉴定结论，从而导致鉴定结论效力下降。
再次，鉴定结论的采信制度缺乏规范性，我国对各级各类鉴定机构所作的鉴定结论没有区分证明力，而且任何一种鉴定结论不经质证就不能成为法庭出示的证据。
（四）责任制度缺位
关于司法鉴定的相关法律责任，我国刑事诉讼法第120条规定，“鉴定人故意作虚假鉴定的，应当承担法律责任。”在新近出台的《
司法鉴定人管理办法》中进一步明确了鉴定人的法律责任，从民事赔偿、行政处罚到追究刑事责任。但是这些规定仍是过于简单、抽象、缺乏可操作性。
三、完善我国司法鉴定制度之构想
（一）改革之目标模式
司法鉴定是科学实证活动，鉴定结论是科学的判决，科学性应成为司法鉴定的基本原则，司法鉴定的改革必须遵循内在的规律性。当今科学技术迅猛发展和激烈竞争的时代，以科技进步为依托的司法鉴定具有巨大的发展潜能和为司法服务的权威效果。在许多领域，司法鉴定结论对裁判的结果起着重要乃至决定性的影响。正因为如此，司法鉴定工作在司法活动中地位越来越广泛。特别是随着诉讼客体的广泛和犯罪手段的智能化，司法鉴定改革，一方面，必须强化鉴定机构、鉴定人员的科学水平与技术标准，配置严格的科学技术准入条件，确保鉴定质量；另一方面，拿出改革举措，引入科技创新机制，加快司法鉴定领域的科学进步，不断更新技术设备和技术手段，不断提高技术水平。
