为了防止犯罪人钻时效制度的孔子，并保障受害人的合法权利，
刑法第
88条还规定了两种时效延长制度。该条第1款规定：“在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，逃避侦查或者审判的，不受追诉期限的限制。”第2款又规定：“被害人在追诉期限内提出控告，人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予以立案的，不受追诉期限的限制。”这两款规定，对于解决医疗事故案件的“立案难”问题，有着积极意义。
对于发生在1997年10月1日新
刑法生效之前的医疗事故犯罪案件，如果在新
刑法生效之后，仍未超过追诉时期限的，仍可进行追诉，不过，根据我国刑法第
12条所确立的从旧兼从轻的
刑法溯及力原则，应当适用新
刑法进行处理。因为在新
刑法颁行之前，对医疗事故犯罪大都按玩忽职守罪、重大责任事故罪或过失杀人罪处理，而新
刑法专门规定的医疗事故罪，在法定刑方面远比上述犯罪为轻。
三、 医疗事故罪的证据问题
医疗事故罪属于公诉案件，由司法机关承担刑事诉讼中的举证责任。在医疗事故案件中，所涉及的许多证据具有较强的专业性，另外，由于绝大多数病案材料由医疗单位保管，而一些医疗单位对所属的肇事医务人员采取袒护的态度，不太情愿及时、全面地提供各种同案件有关的病历材料，特别是那些不利于当事医务人员的材料，甚至有个别人擅自涂改、伪造病历记录，从而为司法机关的调查取证工作设置了重重障碍。虽然工作难度较大，但办案人员仍应坚持“重证据、重调查研究、不轻信口供”的原则，尽一切努力，收集、提取所有同案件有关的证据，以便为刑事审判工作打好基础。
医疗事故案件是一种专业性、技术性很强的案件，其证据涉及大量的医学科学知识，因此，办理医疗事故案件的司法人员应具备一定的医学知识，对于办案中碰到的一些复杂疑难的医学问题，应当及时向有关的专家请教。在收集证据过程中，还应注意运用各种现代科学技术手段，以提高办案工作的质量和效率。同时，收集证据要严格遵照法定的程序，严禁刑讯逼供和以威胁、引诱、欺骗以及其他非法方法收集证据。另外，还应当注意保护当事人（包括被告人和被害人）的各种合法权利。例如，对被害患者的隐私不能随意泄露，以避免造成对其不应有的伤害。
