民族区域自治制度作为国家的基本政治制度，其制度安排“只能制定法律”(《
立法法》第
八条);其次,1984年颁行的《
民族区域自治法》在“序言”中规定：“《
中华人民共和国民族区域自治法》是实施
宪法规定的民族区域自治制度的基本法律”，这意味着《
民族区域自治法》的修改权限应归属于全国人民代表大会，全国人大常委会“在全国人民代表大会闭会期间”可以对全国人民代表大会制定的《自治法》进行“部分补充和修改，但不得同该法律的基本原则相抵触”。但要特别要予以指出的是：《自治法》在“附则”中明确规定了其修改通过程序：“本法由全国人民代表大会通过”，这也就是说，这一法律约定了即便全国人大常委会有权修改《自治法》，也必须由全国人民代表大会通过方为有效。
但事实是,全国人大常委会2001年对《自治法》的修改无论在数量上还是内容上均已经不是对《自治法》的“部分补充和修改”了：从修改的数量上看，仅正文方面就涉及三十一条,其中删去两条、新增九条（对“序言”中三个自然段的修改未计算再内），被修改的条文占原《自治法》条文总数的46.27%,占修改后《自治法》条文总数的41.89%，如此之大范围的条文修改显然超出了“部分补充和修改”的法律规定；再从被修改的内容来看，此次修改全面改变了原《自治法》赋予民族自治地方的自治机关在财政经济方面的自治权和上级国家机关对民族自治地方的支持和帮助；更为重要的，是这次修改在第三十二条（原第三十三条）第三款删去了自治地方在财政收入和支出方面，享受“优待民族自治地方的原则”的字样，而这一原则同时也是我国民族区域自治制度和《
民族区域自治法》的基本原则，这就同时违背了我国《
宪法》和《
立法法》关于全国人大常委会在全国人民代表大会闭会期间对全国人大制定的法律“进行部分补充和修改”时“不得同该法律的基本原则相抵触”的规定；最后，全国人大常委会对《自治法》的修改也没有得到全国人民代表大会的“通过”，仅在大会开会前五天即2001年2月28日通过了对自治法的修改，当日就以国家主席令（第46号）的形式公布并施行。将长达八年的、事关国家基本政治制度的国家基本法律的重要法律案如此匆忙地修改颁行，很明显有不适当之处，同时也令人产生是否有故意绕开全国人民代表大会的疑问。
