恐怖活动组织与黑社会性质组织有相似之处，即二者都具有暴力性，其行为均危及到人民群众生命、财产安全。但恐怖活动组织一般带有的政治目的所实施的暴力活动可以是针对国家或政治组织的领导人，也可以是针对不特定的广大群众或者通过毁损公共设施、公共财产来达到其恐怖活动的目的；而黑社会性质组织主要是以掠夺经济利益为目的，一般不带有反对一个国家政治目的，这是二者的主要区别。
5、与非法武装团体的界限
如上所述，外国刑法典大都将非法武装团体犯罪与有组织犯罪、恐怖活动组织犯罪规定于同一章节。我国刑法中没有出现非法武装团体这一词汇，但在分则第1章危害国家安全罪中的第104条规定了组织、策划、实施武装叛乱或武装暴乱罪，接近于组织非法武装团体犯罪。黑社会性质组织犯罪与本罪的区别类似于和恐怖活动组织犯罪的区别，非法武装团体一般均具有政治目的，有些甚至是以推翻现政府为目的，并通过一定规模的武装暴力公开显现；而黑社会性质组织主要是以掠夺经济利益为目的，一般不带有反对一个国家政治目的，手段上一般也是隐秘的，不一定通过一定规模的武装暴力显现出来。
6、与利用会道门、邪教组织和封建迷信破坏法律实施或致人死亡罪的界限
黑社会性质组织犯罪与利用会道门、邪教组织和封建迷信犯罪也有本质区别。后者是宣传封建迷信、异端邪说，扰乱人们的思想，鼓动人们破坏法律的实施，一般不带有暴力性、掠夺性的特点，其危险性亦较黑社会性质组织低。我国刑法对二者的处罚力度也不同，对于黑社会性质组织，一经组织、领导和参加即构成犯罪；而对于会道门、邪教组织及封建迷信，根据我国刑法第300条之规定，还要求行为人利用其实施破坏法律或致人死亡的，才追究刑事责任。
7、与跨国犯罪的界限
所谓跨国犯罪，即是指非法进出两国或两国以上实施危害社会的行为，其主要表现形式就是跨国有组织犯罪，而跨国有组织犯罪又是有组织犯罪的一种特殊形态，是更大规模的有组织犯罪。跨国有组织犯罪从某种意义上讲，是空间概念，而非时间概念，所以，跨国有组织犯罪即是犯罪组织在两国或两国以上有组织地实施的犯罪，其认定的依据是国家的疆界。跨国有组织犯罪的主要特征如下：（1）是有组织犯罪的一种特殊形态；（2）是跨国犯罪的主要表现形式；（3）是以谋求更大的利益，榨取巨额利润为其首要目标；（4）跨国有组织犯罪集团敛集了巨额资本，具有在国际范围内调动资金投入犯罪的能力，这是一般国内有组织犯罪团体无法比拟的；（5）跨国有组织犯罪的组织比之一般国内有组织犯罪团体结构更加严密、内部约束更加严格，成员数量也往往比较庞大。
可见，黑社会性质组织与跨国犯罪组织亦是两个相互交叉的概念，并无所属关系。
8、一罪与数罪的适用问题
在司法实践中，行为人在实施黑社会性质组织的犯罪（含
刑法第
294条的三个罪名）时，其行为一般不会只停留在组织发展上，势必进行一些前述的具体犯罪活动，如构成其他犯罪的，
刑法第
294条第3款已有明确规定，应当依照数罪并罚的原则处理。但若是国家机关工作人员受贿后包庇纵容黑社会性质组织犯罪活动的，是否实行数罪并罚呢？原
全国人大常委会《关于惩治贪污罪贿赂罪的补充规定》第
5条曾强调：“因受贿进行违法犯罪构成其他罪的，依照数罪并罚的规定处罚。”现行
刑法没有明确规定，实际上，受贿后进行包庇、纵容黑社会性质组织犯罪的，应属于牵连犯，按“从一而重”的原则处罚即可，不必实行数罪并罚。
