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尽管实质上的独立已经不同程度存在，但由于“三权分立”说对权力配置模式的定格，使检察权不能完成其理论和法律上的独立定位，检察权的附着机构要么在法院要么在政府，检察权要么被视为行政权，要么被附属于审判权。对检察权两种截然不同的性质认定和位置指定，反映出“三权分立”不能自圆其说的缺陷，同时，向人们作了一个重要的提问：行政与审判之间的这个权力来自哪里？去到何方？权力配置这样重要的社会行为，决不是可有可无、可左可右的随随便便或苟且权宜，理论上必须作出科学的回答，实践中应当采取最先进的方案。
国家权力配置模式的构建，应当根据现实社会生活实际和需要。“三权分立”说中，行政与司法（审判）分立的认识基础是将社会生活划分为两类，正常形态下的生产生活活动和利益或意志冲突后的诉争活动，依此在适用法律的国家机构中设立行政权和审判权予以管辖调整，于是行政权和审判权都有了恰当的配置坐标和运行范围，形成了行政和审判两个泾渭分明的权力运行领域。国家权力形成后相当长的时期里，人类行为的社会意义没有象现在这样被充分认识，因而对侵权行为多采取私了私诉方式。由于权利之争直接从行政领域或生活领域进入诉讼，公民起诉不存在国家权力的介入和中间环节，政府提起的诉讼则被视为对国家利益的维护，因而这种划分十分准确合理，对于权力监督制约机制的建立产生了积极作用，并且，有助于权力运行效率的提高。然而，随着行为社会意义认识的深化和具有现代公诉意义的诉讼出现，随着案件的公诉比例日益扩大，这种平衡被渐渐打破，在行政和审判之间出现了新的权力运行空间，“三权分立”在其发展的末端面临着新的课题。
国家追诉职能一部分来自行政机构，一部分则是对其他社会主体权利的集中，它的运行虽然只是社会事务的程序过渡，但是其效率和公正受到社会公众不亚于对审判和行政的关注。检察权在充满意志和利益冲突的领域中运行，其结果与其他法律适用结果一样，影响或决定着公民、法人、国家和社会利益得失，因而必须对检察权实施有效的监督制约。在检察与行政和审判之间建立制度化的职能衔接和区别，是产生权力监督制约的基础和条件，没有检察权从行政权或审判权的剥离，就没有三者之间的相互制约，检察权如果附着于行政容易导致行政恣意，如果附着于审判则容易产生审判不公，都会在初始阶段就影响诉讼进程和诉讼结果，检察权的独立运行应当是符合社会需要的选择。而根据权力监督的一般原理，监督的效果取决于监督力与权力张力之间的对比关系，因而分权是权力配置理论与实践特别关注的问题，检察权同行政权或审判权的任何合并，都会因权力扩张膨胀而为实施监督增加难度，不难看出，从监督制约的需要出发，为行政权、检察权和审判权设置不同的国家职能，实现检察权的完全独立和进一步系统化也非常必要。
检察权作为社会利益的代表，是社会的选择而不是行政权或审判权的衍生，客观上具有独立的地位，因而它不受行政权或审判权的支配左右，行政权既不能决定它管辖的事务更不能决定它的存废。检察权在运行中可以指控公民、可以指控法人，也可以站到政府的对面，因此，它不可能是行政权的附属。审判权以其法律裁判的身份，更不能兼容以国家追诉为特征的检察权。不论各国权力配置模式和诉讼制度有什么样的差别，有一个基本原则和基本实践是共同的，那就是对行政权进入诉讼领域的禁止或控制，这也是当初“三权分立”的设计人和实践者的初衷之一。如果行政权可以进入诉讼，“三权分立”就要打下折扣，如果行政权可以决定诉讼，“三权分立”就失去了意义。继续贯彻“三权分立”的精髓——权力制衡，就必须突破“三权分立”既定的非行政即“司法”的框框，检察权就应当定位于行政权之外，同理，也不能定位于审判权之中。
八、检察权与行政权运行中的区别
如前所述，检察权与行政权存在质的区别和配置位置的差异，体现了不同的国家职能，显然是法律适用中两类不同的国家权力主体，不仅如此，检察权在运行过程中也表现出独有的特点，进一步说明了检察权与行政权剥离的法理依据。
1.行政目的与追诉目的的区别。国家生活有两种的形态，一种是各类社会主体正常行使权利、履行义务，形成利益和意志协调的社会关系；另一种是行为人滥用权利或不履行义务，造成法律保护的社会关系遭到破坏。由此为国家权力的运行提供了两个不同的领域，行政权的主要部分在前一个领域运行，对社会的经济文化生活实施组织管理，目的在于建立、变更和消除一定的法律关系，按照法律的规定实现各类社会主体的权利义务，检察权则在后一个领域运行，对违法行为进行追诉，目的是要求行为人服从法律规定承担法律责任，整复遭到破坏的社会关系。由于行政目的和追诉目的不同，形成了行政权和检察权运行客体的不同，即二者调整的社会关系存在差异，这是法理上划分国家权力的重要依据。
2.行政方式与追诉方式的区别。检察权和行政权虽然同属法律适用权，但是，在法律适用过程中，检察权的启动和运行与行政权的启动和运行存在显著区别。检察权总是在违法行为发生以后被动地启动，始终在意志冲突的状态下运行，并且，不对其运行的客体作实体处分，基本的运行方式具有意志冲突、程序和追溯性特征。行政权虽然也有一部分是在同样的情况下被启动和运行，但是，更多的或总体上是对正常的社会生活秩序实施管理，即预定国民经济、内政外交、精神文化等社会发展目标，主动地采取行政措施予以完成，具有意志统一、实体和先导性特征。从社会发展和国家权力配置发展趋势预测，行政管理形态和处罚形态的两种权力存在继续分解的可能。可见，行政权与检察权从法律适用的不同位置出发，一个主动运行一个被动运行，对社会产生不同的作用以解决不同的问题。
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