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1、宗教法人制。日本并没有强制规定宗教团体必须登记为宗教法人，未登记为宗教法人之宗教团体同样可以进行传教活动，宗教团体自主选择并通过政府认证登记为宗教法人。但是，通过登记为宗教法人，予以法律认可，由此产生较为稳定的法律关系，使被登记组织在承担相应义务同时，得到法律的充分保护，享受法律规定的权力甚至优惠。宗教团体是宗教信徒表白与实践其内在信仰的组织，宗教团体如果想以法人方式运作，以财团法人或社团法人存在，都存在问题，因为财团是钱的集合，社团是人的集合，而宗教团体则两者兼而有之。日本宗教法人法，通过创立宗教法人较好的解决了这个问题。
2、圣俗分离原则，为宗教法人法之根本原则之一。即宗教活动本身（圣的一面）和伴随宗教活动产生的经济活动（俗的一面）区分开来，宗教法人法之规范俗的一面，对于圣的一面国家公权力不可以介入干涉。例如：《宗教法人法》第七十一条规定:“一、在文部省内设审议会。”“二、对于宗教团体的信仰、规则和习惯等宗教上的事项，宗教法人审议会不得以任何形式实行调停或干涉。”
3、认证制。《宗教法人令》主张国家不干预宗教团体，废除政府对教团的认可权、监督权、调查权，实行申报制---想成为法人的宗教团体，按规则登记，向主管官厅申报即可，非常宽松。这种宽松使日本战后各种宗教空前活跃，宗教法人数量剧增，甚至出现一些信仰有问题的教团。为了克服《宗教法人令》的不足，宗教法人法对宗教法人的设立有申报制改为认证制。认证制适用于法人的设立、变更、合并、解散等多方面：(1)提出认证申请。设立登记，办理变更登记。申请者应提交正式的认证申请书、证明该团体为宗教团体的文件以及宗教法人的规则方案等文件。(2)规则的认证。行政主管部门对申请材料进行审查，符合法律条件的，发给规则认证书。(3)设立变更登记。在收到规则认证书之日起两周内，申请者在主要事务所所在地的行政管理部门办理设立变更登记。宗教团体法人的设立制度不外有申报制、认证制、许可制等。如前所言，申报制常常造成管理失之于宽，而许可制有时表现为对信仰内容采取审查批准，有违背宗教信仰自由之嫌，因此认证制可谓较适当之选择。
4、公告制。亦为日本宗教法人法的一大特色。公告制被广泛用于宗教法人的设立、变更、解散、法人内部财务管理等各个方面，起到了很好的监督作用。例如宗教法人在准备解散前，应向信徒和其他利害关系人说明原因。如果信徒和其他利害关系人有不同意见的，宗教法人必须充分考虑和重新研究是否解散。作为一种社会组织，宗教法人采用公告制作为内部监督机制，这一点公司制企业采用监事会、社会团体采用社员大会作为监督机构相区别，符合宗教法人作为信仰组织的特点。
5、宗教法人认证规则。宗教法人认证规则，实为宗教法人之章程。根据宗教法人法的规定，宗教法人的规则方案包含以下内容：目的；名称；事务所所在地；内部所属部门；代表者、责任者、代理业务者、临时代表者以及临时责任者的名称、资格、任免、期限、权限、人数等；决议、咨询、监察等机构；经营部门及其管理、收益处理办法；基本财产、宝物以及其他财产的设定、管理、处分和预算等；关于规则变更的事项；关于解散、清算以及剩余财产的归属等；本规则的公告方法；关于制约或受制于其他团体的事项；其他相关事项。此宗教法人认证规则未涉及具体宗教团体的教主、教义、经典、仪式等，未包含宗教教义信仰方面，体现了政教分离原则。
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