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由上不难发现，在绝大多数情况下，WTO协议不能直接适用，在这一点上理论界似乎已经达成了共识。分歧的关键在于是否有一些WTO协议可以在我国直接适用。其中被许多人提及认为可以在国内直接适用的莫过于TRIPS协议了，如前文第二种观点。笔者认为WTO协议在我国不能直接适用， TRIPS协议也不例外，理由如下：
（1）WTO的根本意义或作用不在于确立超越各成员方政府和国内立法机构的具体经贸规则，而在于给成员方进行谈判和协商解决国际经贸争端的场所，正如龙永图所讲：国际组织主要是一个论坛，WTO主要是一个谈判场所。[18]框架性和原则性的规定无疑是WTO协议的主要内容。而且，WTO的主要职能是：解决成员方的经贸争端、制定和实施多边贸易规则、审议协调各国贸易政策以及组织多边谈判。可见，与国际民商事条约不同，WTO协议调整的是各成员方的贸易政策。虽然WTO协议也可能涉及到法人或个人的利益，但从本质上讲其针对的是政府行为，而不是法人或个人的具体贸易行为。因此，根据条约在我国适用的立法及实践，WTO协议是不能直接在国内适用的。
（2）虽然各国理论界对能否直接适用WTO协议争议较大，但从美国和欧盟的实践上看，做法却基本一致，即不允许WTO协议在国内直接适用。道理其实很简单，如何在国内适用条约纯粹是国内法的事情。对于WTO协议这个各成员方50多年来斗争与妥协的结果，成员国完全可以出于自身利益的考虑，通过转化间接适用的形式，最大程度的趋利避害。WTO协议是别人已经制定好的“游戏规则”，体现我国及发展中国家的利益有限，而且在规则的熟悉和运用方面我们也处于被动和不利地位。直接适用未免代价太大，实践上也不可行。因此，我国无须，也没有必要在国内直接适用只具有框架性和原则性规定但却充满大量例外条款的WTO协议。相反，结合国情转化间接适用WTO协议更符合我国的实际，更能维护我国的利益。在有必要时，甚至可以采取被动转化间接适用WTO协议的形式。这也就是第三种观点的“辅之以今后各案补充”，即维持现状，等今后发生争议后才根据DSB裁决报告要求来修改、废除或制定相应国内法。笔者认为，适当采取这种方式也未尝不可，毕竟我国的法制建设是不能一步到位的，必须循序渐进。这样做在一定程度上可以缓解某些要价较高的WTO协议对我国的压力。况且，就算是欧美等发达国家也时常采取这种方式。
（3）国务院法制办主任杨景宇同志强调，适应加入WTO需要，制定、修改或者废止有关法律、行政法规和规章，必须坚持我国宪法确定的国家制度和社会制度，认真研究、准确把握WTO规则和我国对外承诺的相关内容，通过立法程序，把WTO规则转化为国内法，以此履行WTO规则和我国对外承诺。WTO协议不是民事领域的国际条约，不能作为国内法直接予以适用。[19]笔者认为，这种观点本质上与最高人民法院副院长万鄂湘同志的观点也基本上是一致的（第一种观点）。从某种意义上讲，这两种观点应该是反映了我国高层对待在国内如何适用WTO协议的态度，即结合中国国情转化间接适用WTO协议。
（4）关于TRIPS协议是否可以直接在我国国内适用的问题。
首先必须指出的是TRIPS协议是WTO协议的重要组成部分之一，虽然有些条款比较详尽，涉及到个人或法人的具体权利和义务，但从本质上讲TRIPS协议同样针对的是政府行为，不同于传统的知识产权保护条约，根据我国现行立法及实践，是不能直接在国内适用的。
其次，协议过分偏重于对知识产权的保护，对知识产权拥有者应尽的社会责任没有很好地考虑。协议对发达国家在国际技术贸易中滥用其技术垄断地位及知识产权，几乎没有作出有效的约束规定。而对于发展中国家所作的优惠规定或优惠安排却及其有限。加之协议不允许成员方做任何保留。因此，对于这样一个协议，如果不经转化而直接在国内实施对发展中国家是非常不利的。
再次，在很多情况下，协议模糊的语言或笼统的概念需要国内立法做进一步限定或者详细的明确。同时，协议赋予成员国就协定规定的权利规定例外和限制的广泛自由，而且不仅限于协定明示允许的措施。这些措施的范围取决于成员国根据协定序言和第7条、第8条规定的基本原则和目标的分析所做出的政策选择。[20]
最后，从各国实践来看，美国、欧盟等都不承认TRIPS协议在国内法中可以直接适用。而且协议第1条第1款关于“成员国的义务和范围”规定：成员有义务使本协定的规定生效，同时承认成员有权在其法律制度和实践的范围内决定适当的方法执行协议。
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