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然而通过谈判缔结条约统一各国司法协助制度的方式存在着诸多不便和不合适之处。【4】
第一，在制定或通过条约时，各成员国的代表只是相聚在欧盟理事会（meet in the council），而不是作为理事会成员行使职权，因此在性质上，通过条约属于“非共同体行为”（non-community act），所以每一条约在其漫长的讨价还价过程中，实际上处于成员国的紧密控制下。
第二，负责准备和起草条约的专家是由各成员国政府任命的，他们不同于共同体公务员，在多数时候仍定位于成员国公民，反映其本国的意志和主张，这样就不可避免地使谈判不断拖长，并随成员国国际关系的变化而变化，还可能常常处于僵局状态，而只能通过妥协予以解决，此时在原则上、逻辑上都要作出让步，甚至正义方面也要作出牺牲。
第三，这些谈判只分配给欧盟委员会相关的附属作用，这一方面使条约达成的政策和规则难以进行完全的协调，另一方面也使委员会对其内容和方向无法实施影响和控制，使作为法律逐步接近计划一部分的政策和规则难以协调。
第四，条约通过后，尚需一定数量成员国的批准才能生效，多数条约的条款还可由成员国在批准或加入时作出保留，这些都在不同程度上减损了条约的效力。
第五，条约缺乏欧盟立法在实施、监督等方面的强制力，有的还缺乏欧洲法院的解释权等因素也使公约在统一各成员国法方面不如欧盟理事会直接立法（采用规则或指令）那么方便与有效。
第六，当欧盟吸纳新的成员国时，新成员必须分别与原有成员进行谈判，重新缔结一个与已有条约内容一致的条约，才能使条约对新成员发生效力，这一过程耗时过久，效率低下。
1997年10月2日欧盟各国签署了旨在修订《马斯特里赫特条约》的《阿姆斯特丹条约》，其中对欧盟的“第三支柱”——“司法与内务合作事项”的规定作了重大修改。原“第三支柱”司法与内务合作事项中的第6项“民事方面的司法合作”（Judicial Cooperation in Civil Matters）不再是各成员国间协商的事务，而成为了“第一支柱”——“欧洲共同体”管辖的事项，即欧盟理事会有权在“民事方面的司法合作”领域采取直接措施，而不再需要通过各成员国的协商谈判达成条约的方式进行规定。【5】因此1999年阿约生效后，欧盟统一民事司法协助制度的工作方法将不再采用成员国间谈判缔结的模式进行，而将采用欧盟理事会规则（Regulation）或指令（Directive）的模式，发布统一民事司法协助制度的有关法规，直接在成员国境内发生效力。在1999年阿约生效后5年内，各成员国尚享有同欧盟理事会同样的在该领域提出制定规则的动议的权利，5年后这一提出动议权利也将丧失，各成员国统一民事司法协助制度的权利将完全让渡给予欧洲共同体。
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