但是，有可能接过这个烫手的山芋，沈家本才清楚自己的任务何等艰巨而处境又何等艰难。根据朝廷明谕“将一切现行律例按照交涉情形，参酌各国法律，悉心考订，妥为拟改，务期中外通行，有裨治理等因”和自己的观察、思考“西国从前
刑法较中国尤为惨酷，近百数十年来几经法律家讨论，逐渐改而从轻，政治日臻完善。故中国之重法，西人每訾为不仁”，以“酌加甄采”为宗旨，草定《大清新刑律》后，却遭到了以张之洞为首的礼教派的一致反对，李贵连先生对此曾有一段精到的描述，“他认为，‘因伦制礼，准礼制刑’，这是中国法的传统。
历世相传的‘明以五刑以弼五教’‘凡听五刑之讼，必原父子之亲，君臣之义以权之’为‘我国立法之本’。但是，草案所列的各种条款，几乎都与这个根本相背。它不但违背君臣之伦、父子之伦、夫妇之伦，也违背男女有别、尊卑长幼之序。总之，他坚持君臣、父子、夫妇、男女、尊卑长幼的法律地位不应平等。认为法律如不维护这种等级差别，就是败坏礼教，不审国情。”
1909年，综合礼教派的意见，清朝下达谕旨：“
刑法之源，本乎礼教。中外各国礼教不同，故
刑法亦因之而异。中国素重纲常，故于干犯名义之条，立法持为严重。良以三纲五常，阐自唐虞，圣帝明王，兢兢保守，实为数千年相传之国粹，立国之大本。今寰海大通，国际每多交涉。故不宜墨守故常，致使通变宜民之意，但只可采彼之长，益我之短，凡我旧律义关伦常诸条，不可率行变革，庶以维无理民彝于不敝。该大臣务本此意，以为修改宗旨，是为至要。”什么为彼之长，什么又为我所短？至此，礼法之争的焦点我们看得一清二楚，前者注重的是纲常名教的维护，认为人贵贱之分；而后者则珍视人生命的权利，主张人人平等－－这也是西方法律的要义。
我们可以想象沈家本处境的窘况，由于职守的原因产生的对西方法律的了解以及由于经历对中国社会的谙熟使他深深知道中国需要什么，中国的法律和法制该走向何方？但是，因为他敏锐地觉察到的又极力推行的对于整个社会来说是崭新的虽然对一些人来说并不如此的东西，没有深厚的社会基础，缺乏翔实的理论论证，某种程度上只能以理想的形式昭示给众人——理想也许是美好且令人憧憬的，可毕竟是一种未知，未知则意味着风险的存在。而处于对立面的旧道德所标识的“礼法”，虽然很多人为之祸害，可却有悠久的历史传统，广泛的社会影响，深深地扎根于人们的意识和生活中，十几个百年的历史，从里面找点儿证明其“合理”，证胆其“伟大”的例子，该是件挺容易的事，说举不胜举也不为过。因此，当真争论起来，礼教派等人口中念念有词、雄辩有力；法治派的人，明显要逊色得多－－他们不得不从对方的论据中寻找能够证明自己论点的依据－－其时真正懂得西方的人并不多（沈家本未必真了解西方，虽然他有意无意中一下子抓住了西方法律的精髓；即使有几个像伍廷芳这类的人，又和谁对话，始终别忘了他们的对话者是在“封建毒素”的环境中生活的人）——而证明自己的论点以对方的论据为论据，就可能要强词夺理——强词夺理或许可以让论点看起来无懈可击，但总人感到别别扭扭，潜台词就是软弱无力。
身为弱势方，除了自不量力地顽抗外，剩下的就只有妥协。所以，当沈家本等一干修订新刑律的人按照“至要之旨”亦即礼教派的意图将草案中凡有关伦纪条款的处罚都加重一等，修改送交法部不久，赞成礼教的该部尚书廷杰，又以“中国各教必须永远奉行勿替者，不宜因此致令纲纪荡然”为辞，在修改稿的正文后面加上“附则五条”，明示“大清律中，十恶，亲属容隐，干名犯义，存留养亲，以及亲属相奸、相监、相殴，并发冢犯奸各条，均有关伦纪礼教未便蔑弃。 ” 就这样，1910年，以《修正刑律草案》交由宪政编查馆考核时，在以劳乃宣为最的礼教派的群起而攻下，几有被根本推翻之势，沈家本“愤慨异常，独当其冲，著论痛驳”。
