公司制企业的缺点主要是；（ 1 ）创建费用和管理成本高；（ 2 ）税负重，公司除了交纳企业所得税外，股东分红还应交纳个人所得税；（ 3 ）公司的商业秘密不易保守，因国家监管严格，公司的财务情况往往需要公开，如股份公司要依法承担信息披露的义务。
　　个人独资企业、合伙企业、公司制企业在现今中外国家都普遍存在，都有其合理性和不合理性，但无论何种形式的企业其存在的价值都是谋求经济利益，因此投资者在选择企业制度时决不能盲目追风赶潮流，而应当从自身实际出发，通过经济、法律和各方面的论证后再作选择。投资者在选择企业制度时首先应当充分挖掘法律给自己所创造的商业机会和风险；其次还应当充分了解自己配置和运作经济资源能力；再次还应当进行进行财务评价，如个人独资企业有组织和管理成本低的优势，但有交易成本高的劣势，而公司制企业虽有组织和管理成本高的劣势，但有交易成本低的优势，所以投资者在选择企业制度时就必须对每一种制度将产生的费用与将能产生的销售收入进行调研和评价，通过销售收入和成本费用的配比，从中选择获利最大的制度：最后还应当对文化等环境因素进行调研和论证。当然论证的结论是否可靠，首先必须要有科学的决策制度作保证，若没有一个好的决策制度作保证，随心所欲的作决策，肯定会失误；另外参与论证的人员的水平和创新能力一定要强，如一些投资者在论证时迷信专家教授，而一些专家教授们理论与实践脱节，往往将一些模式照搬，结果不仅没有为投资者创造效益，反而造成重大损失，还一些投资者只图眼前省钱，看不到将来赚钱，聘请一些水平和能力很差的律师、会计师进行论证，结果也造成重大损失。
　三、企业组织管理失误的原因分析。企业的组织管理包括组织结构的设计、组织的议事规则和企业成员的职权、责任和利益划分。企业的组织管理实际上就是动员和协调企业各种的资源为企业的成长和营利目标作出贡献，组织管理的好坏直接关系着企业的生存和发展，如两个企业所具备的资金、人才、物资、信息条件相同，所处的环境也相同，但企业的营利水平却相去甚远，究其原因，效益差的企业组织管理失误。目前，无论民营企业，还是国营企业都已经意识到企业管理体制不合理是制约企业发展的主要因素，并积极进行企业组织改革和创新，但是改制后的企业依然效益不佳，甚至有的民营企业从家族制改为公司制后效益还不如以前，可见有了股份制，明晰了产权，有了股东会、董事会、监事会、总经理，建立了现代企业的组织机构并不是象有些人想象的那样财源滚滚而来，有的甚至还因此而倒闭，产生这些问题的原因并不是说现代企业制度不好，而是人们没有将法律用好、用活、用足，主要表现有以下几个方面：

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