第二，军事刑事诉讼立法明显欠缺。包括军事检察官在内的军事诉讼立法历来受到世界主要大国的重视。我国国家
检察官法虽然指出了军事检察官也是检察官的一个范畴，但是没有从根本上把国家检察官与军事检察官的不同之处区分开来。总体来讲，我国军事司法方面的立法，尤其是单行法律仍是一片空白，这使得军事检察官的司法活动的依据不能成为体系，既有国家法律法规及其司法解释，又有军队内部政策，还有各种“隐形法”，这些规定的内容本身就有许多冲突和不协调的地方，也使得军事检察官的法律定位仍没有完整的表述和依据。同样，军事主诉检察官制度只是原则性法律制度下的产物，对其具体的内容仍缺乏完整的、配套的诉讼立法，使得军事主诉检察官的设置上不敢放权，所作的权力重新安排只是形式而已。
第三，军事司法编制的缺陷。自新
刑事诉讼法公布以来，军队依法办案的难度就徙然增大，而军事主诉检察官制度的一些基本要求也更是超过了军队司法编制、军队司法人员素质、军事司法管辖等方面的现状。目前军队基层一级的检察院一般有4至8名军事检察人员，当中还包括了军事检察长、副检察长；大区或副大区一级的军事检察院，一般都分为刑事检察工作部门、法纪经纪工作部门以及直属院，每一个部门也不过6至8人。因此总体上军事检察的编制是非常小的。而按照建立军事主诉检察官的一般设想，“大单位军事检察院刑事检察部门可设主设检察官2至3名，基层军事检察院编制6人以上的，可设1至2名，编制6人以下的，可设1名”，如果再配有若干名助理检察官，实际上形成的是检察长或副检察长办案责任制。不仅如此，军事刑事诉讼的管辖也与军事司法资源配制是一大冲突，既可能单个部门管辖过广而无法工作，又可能单个地区存在多个军事检察院仍有管辖空白，如基层一级军事检察院机关一般在军级单位，对其管辖范围可能边远、分散，军事检察办案人员不足，在这种情况下，如果再谈军事主诉检察官制度，不但解决不了任何问题，而且更增加办案难度。
第四，军事检察人员的业务能力的不足。目前，军事司法人员的来源层次仍远远低于地方，相当部分没有经过专门的法律业务培训，法律专业人才补充得不够。而且，由于军队内部案件很少、比较单一，军事司法人员受到的业务实践锻炼也很不足。而在军事主诉检察官制度下，主诉检察官独立承办案件，其决策能力、组织协调能力、法学理论及其他相关知识的深度、广度都有很高的的要求，因此，军事主诉检察官的最基本的资格条件也就成了目前建立军事主诉检察官制度的一大“门槛”障碍。
第五，行政管理体制下的办案制度和军事工作的传统原则，没有相应的奖惩措施，公诉人主动性难以得到发挥。目前，军队内部的保障和激励机制仍沿用的是“精神奖励为主，物质奖励为辅”。即使如此，由于军事司法编制的特殊性，军事主诉检察官的成绩不能与军官职称等级、军衔等级挂钩。应享有的行政级别受编制原因和职数影响而体现不出对军事主诉检察官的优待，某种程度上还与其他军事法规相冲突。
