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就基因序列专利而言，在是否给予专利法律保护的争论中，涉及甚多。如发现与发明之争，巨大的垄断性，商业价值与社会价值的平衡等，当然也触及了伦理道德问题。发现与发明之争，各国采取的措施往往是回避或对发现发明重新加以定义，如欧盟就认为基因不是发现而是发明 [9]，我国即将出台的审查指南也将采取类似做法。关于垄断性，各国往往通过严格专利“三性”要求，提高专利申请门槛这一措施 [10]，这也是国际上大势所趋。而对于基因专利的伦理评价问题，在专利实践中往往被忽视的，但理论的探讨是有益的有助于我们更好的理解专利制度的本质和我国为什么要给予基因专利保护。
人体基因专利首先是对人的尊严和人的本质的挑战以及对人的实体的破坏。人的实体，指人的肉体和精神、本质和尊严、生物学的根基和个性的统一。 [11]对人体基因授予专利难免会被理解为瓜分人体基因，对人的实体是一种破坏。理论上的反对并不是没有道理。在另一个经典案例“松弛素案”中 [12]，异议人提出授予人体基因专利是不道德的，相当于肢解人体基因分块出售，是现代奴隶制度的体现，严重危害人的尊严。而而申诉委员会则认为：基因专利不会造成控制人类，不会影响人的自决权，其作用恰恰是在有人自愿捐献一次组织的基础上克隆人体基因，以后无限制的用来造福人类。申诉委员会并没有回避社会伦理问题，不是从产业政策和商业价值角度去争辩，而直接指出基因专利的另一方面是巨大的社会效益。确实，抛开基因专利问题必须考虑的其他因素，但就社会伦理角度而言，其也具有两重性：一方面是对传统伦理道德的挑战，另一方面则是通过专利保护从而造福人类的巨大社会效益。专利制度不止一次的面对类似矛盾，其结果只能是利益平衡的考虑，授予基因专利，但条件是相当严格的。
关于基因专利伦理问题的另外一种解释是基因序列专利并不等与生命的专利。欧共体在1992年起草和修订关于生物技术发明的法律保护指令明确排斥了人体以及人体器官的专利，而对基因则认为属于化学物质可以授予专利，理由就是“基因专利”并不等于“生命专利”。欧洲的伦理道德并不比我们差，其相关政策值得借鉴。确实，我们讨论基因专利，千万不能强加以生命专利的伦理问题，两个问题不能混淆。
三、 结论
综合各房面的考虑，权衡利益得失和各种厉害关系，尤其是考虑到商业价值和社会价值的平衡，产业政策和社会公共政策的兼顾，和符合基本的道德伦理问题，也保持和世界大多数国家保持一致性，我们认为对下列基因相关专利不应授予专利，否则会破坏基本的伦理道德，造成社会利益的巨大损害，违反基本的“利益平衡原则”。
转基因的动植物不应获得专利，否则会造成伦理、认识论、本体论的大错，特别是转基因动物的专利保护将触及动物权益理念；
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