通过上述分析，可以知道只要船舶代理公司向船公司垫付运费，船舶代理公司完全可以直接向欠费方进行追讨，而不存在所谓的“诉讼主体不合格”（当然，第一种观点在实际中也是得到应用的）。不过另外一个值得注意的问题是，在此情况下追偿的诉讼时效。有人认为费用垫付人取得的是一种代位权，这就决定了垫付人追偿的时效自原债权人的时效发生之时，是原债权时效的继续。但笔者认为，债权人接受垫付人的偿付与垫付人取得相应的代位权，是当事人之间新的权利义务关系的产生，诉讼时效应该相应产生。
2、关于诉讼时效问题。
最高人民法院“关于承运人就海上货物运输向托运人、收货人或提单持有人要求赔偿的请求权时效期间的批复（法释[1997]3号）”中明确规定“承运人就海上货物运输向托运人、收货人或提单持有人要求赔偿的请求权，在有关法律未予以规定前，比照适用《
中华人民共和国海商法》第
二百五十七条第一款规定，时效期间为一年，自权利人知道或应当知道权利被侵害之日起计算”。那么，该批复是否适用于船舶代理公司呢？船舶代理公司作为承运人的代理人，其在代理范围内的行为实质就是承运人本身的行为，尽管在对外时可能处于不同的法律地位和不同的法律关系。因此，在法律没有对此明确规定的情况下，联系前及对船舶代理公司主张运费权利的阐述，同时根据《
海商法》第
五十八条、
五十九条及六十一条的规定，船舶代理公司作为承运人的代理人能享受与承运人一样的实体权利，笔者认为，在时效上，也应一样比照适用。
我国《
海商法》第
二百六十七条规定“时效因请求人提起诉讼、提交仲裁或者被请求人同意履行义务而中断”，该规定不同于我国《
民法通则》对时效中断的一般规定，《
民法通则》规定“诉讼时效因提起诉讼、当事人一方提出要求或者同意履行义务而中断”。这里的问题是当事人向没有管辖权的法院提起诉讼，是否能引起诉讼时效的中断？法律条款对此没有明确的规定，也没有相关的司法解释。有人主张，从法条中看，它并未对“提起诉讼”附加任何限制条件，它所强调的是当事人是否通过诉讼来主张并保护自己的权益这一实体问题，建立时效中断的目的就在于保护权利人的利益，只要权利人行使了权利即可，不论其正确行使与否，因此只要提起诉讼就应当引起诉讼时效的中断。这种观点，权利人可以不受管辖权条件的限制，到任何一个法院去起诉，可以任意的得到诉讼时效的保留，笔者认为这有悖于建立时效制度的根本目的，对义务人来说也是不公平的。建立诉讼时效中断制度的目的是为了保护双方当事人的利益，即给予权利人行使其权利的一定期间，同时对其权利的行使并非是无限制的，而是有条件的；这种条件和限制也正是对义务人的保护。应该说从《
海商法》第
二百六十七条的但书规定看上述问题已经得到解决，该但书明确规定“起诉被裁定驳回的，时效不中断”。到没有管辖权的法院起诉，其结果应该是被该法院裁定驳回，然而在实际当中，却有该法院没有管辖权，却仍对该案件实行管辖，并就实体问题作出判决。比较常见的例子就是地方法院对海事、海商案件的管辖。尽管过去最高人民法院曾就海事法院的收案范围进行了明确的规定，但这仅仅是法院内部分工的一个规范性文件，强制力并不高，而很多地方法院出于各种考虑，把明明不属于自己管辖的案件进行管辖。笔者就碰到这样一个案件，很典型的海商纠纷案件，在地方中院和省高院进行审理，尽管另一方当事人在一审和二审中都提起了管辖权异议，却均遭到裁定驳回的命运。经过一二审，提起诉讼一方当事人的诉讼时效已过。在此种情况下，其诉讼时效是否还因提起诉讼而中断？笔者认为，因其自身错误地行使自己的权利，向无管辖权的法院提起诉讼，当然不能引起诉讼时效的中断。值得一提的是，没有管辖权的法院接受并审理了没有管辖权的案件，是否能引起诉讼时效的中断？法院的这种错误应该承担什么责任？案件管辖上的错误是否必然引起其实体上的重新审理？当然，随着我国《
海事诉讼特别程序法》的施行，这个问题应该得到杜绝。该法第四条明确规定“海事法院受理当事人因海事侵权纠纷、海商合同纠纷以及法律规定的其他海事纠纷提起的诉讼。”运费追讨/纠纷运费属于海商合同纠纷的范畴，因此理应归海事法院管辖。通过上述分析，那种认为当地没有海事法院或出于其他考虑而图诉讼上的便利在地方法院提起诉讼是不正确的。债权人要想很好地保护自己的运费利益，就应该到海事法院提起诉讼，行使自己的程序和实体权利。
