结合上述，若船舶代理公司已向船公司垫付了运费，船舶代理公司是否可以直接向欠费方─托运人（主要是指托运人直接向船舶代理公司订舱或在船舶代理公司/船公司未与有关货运代理公司签定协议的情况下或虽签定代理协议，但该货运代理公司已经无法找到情况下的拖欠运费）追讨？一种观点认为，船舶代理公司与船公司之间协议中有明确约定“船舶代理公司负责代算代收运费”，并且很多船舶代理公司业务范围中对此也有明确规定，因此当然有权向欠费方追讨，属于“代收”的职责范围，不论船舶代理公司是否垫付了运费，这种观点有一定道理；另一种观点认为，船舶代理公司仅负责代收代算运费，要想追讨拖欠的运费，需要船公司的另外授权，否则船舶代理公司无权作为一个合格的主体向有关方行使运费权利，即便船舶代理公司已经向船公司垫付了运费。要想弄清这个问题，则必须分析垫付费用的法律性质。垫付费用构成的主要要件是“受益债务人对债权人负有清偿义务，支付的费用实际付给了受益债务人的债权人”。船舶代理公司是船公司的代理，仅仅是代船公司代算代收运费，真正有义务支付运费的不是船舶代理公司，因此船舶代理公司在运费未收到而先行付给船公司的行为是替受益债务人（主要指托运人包括真正的货主和货运代理公司）偿还债务的行为，应认定是垫付的性质─同时，判断是否实际支付给了债权人（船公司），船公司的收据或船舶代理公司出具的付款凭证都可以作为依据。垫付费用使费用垫付人蒙受了经济上的不利益，而债务人免除了对债权人的债务，债权人得到了债权的清偿。其法律后果是垫付人自支付费用时起取得原债权人对债务人所享有的一切权利。债权人在接受垫付费用后，不能再接受债务人的偿还。债权人无权免除债务人的债务，债务人必须并且只对垫付人负责偿还义务。垫付费用后，垫付人可以向债务人追偿，其法律依据有“代理说”，“无因管理说”，“不当得利说”“债权转让说”等等，最基本最原则的说法应该是“公平原则说”。因为费用垫付人对于费用的支付不负法律上的责任，债权人和债务人没有权利要求垫付人支付该项费用（尽管船舶代理协议中有“船舶代理公司负责代算代收运费，并于船舶开航后XX日将运费付至船公司”的有关约定），垫付人垫付费用清偿了债务人的债务，因此垫付人的损失正是债务人所获得的没有法律依据的利益，如果债务人不对垫付人的损失作出补偿，将有失法律的公平正义。
垫付费用是一种民事法律行为，它在当事人之间产生、变更、消灭一定的权利义务关系。它是消灭原债权的法律事实，但不是使原债权的绝对消灭，而是权利主体发生变更；这种代为清偿的行为并不当然导致债务人的债务免除，而是偿还的对象的变更；垫付人获得的债权不是新生的债权，是由垫付人取代了原债权人的法律地位，是原债权人债权的继续。费用垫付人取得的权利应当定性为代位权，只要发生垫付费用这种特定的法律事实，就发生这种权利的转移，垫付人相应地取得代位权。英国法、美国法、法国法对此都有相关的规定。从我国《
海商法》第
27条和87条规定看，我国法律对费用垫付人也是给予明确保护的。至于向债务人追偿是以谁的名义，是以自己的名义还是以债权人的名义去追偿呢。在英国，必须以原债权人的名义进行追偿，是由于英国一贯奉行“相对性”原则，不承认第三人可以对债的一方承认权利。而一般来说，向债务人追偿是垫付人自己可以选择的权利，是为了调节垫付人和债务人之间的权利平衡，因此垫付人完全可以以自己的名义进行追偿。
