（三）监狱职能定位的模糊性
尽管
监狱法已将监狱性质定位于国家刑罚执行机关，但这仅是一个原则和抽象的规定，并未彻底厘清监狱同企业之间纠缠不清的关系，实践中监企合一的局面依然存在。时至今日，振兴监狱经济仍被视为“当前各项工作中的头等大事，创建现代化文明监狱的关键。” 许多监狱理论与实务工作者仍在不遗余力地探究监狱企业如何适应市场经济，如何建立现代企业制度。监狱同企业之间难以割舍的关系，监狱的执法职能同经济职能之间的融合和冲突，已成为困扰中国行刑体制改革的最大难题。虽然“双轨运行”的方案被提出来并付诸实施，但从目前的效果看，这是否实现监企分离的治本之策，仍是大有疑问的。
（四）监狱领导体制的僵化性
目前我国监狱在领导体制上基本上采取了垂直管理的模式，大多数监狱直属于省一级的司法厅（局）领导。这种领导体制确有一定的优点，如有利于加强执法工作的统一性等，但同时也存在很大的局限性，它导致监狱同所在地社会各界处于隔绝状态，相互间难以沟通和交流，地方党政领导对支持监狱工作缺乏责任心和积极性，同时还容易引发监狱同所在地有关部门及群体之间的磨擦和纠纷。
（五）监狱整体布局的不合理性
建国以来，出于强化监管安全及安排监狱生产等方面的考虑，我国许多监狱被建在偏远的山区和农村 。不可否认这种布局有一定的合理因素，但总体而言是弊大于利的，它给监狱工作带来了多方面的困难，如难以吸收高素质人才到监狱工作，难以动用社会力量参与对罪犯的改造，难以解决监狱干警子女的学习、就业甚至青年干警的婚姻问题，等等。可以说，这种使监狱远离城市的布局，使我国监管改造工作付出了沉重的代价，直接制约着现代化文明监狱的建设。
（六）罪犯处遇的封闭性
行刑社会化是国际范围内行刑发展的一大趋势，体现行刑社会化思潮的开放式处遇制度已在许多国家取得了长足的进展。应当说我国行刑工作中对于利用社会力量改造罪犯一直是比较重视的，如指导行刑实践的“三个延伸”的思想就包含着行刑社会化的意蕴，实践中也不乏社会帮教搞得成功的事例。但同西方某些国家相比，我国的开放式处遇制度整体上仍处于相对较低的水平之上，突出的表现就是缓刑、假释的适用率偏低，而且实践中对被判缓刑、假释罪犯的监督、帮教工作往往流于形式。此外，我国刑法中的管制刑虽然包含着开放处遇的精神，但由于立法不完善、机制不健全等原因，管制刑在实际执行中出现了“不管不制”的局面，以至于有不少人主张废除这一刑种。
二、行刑体制改革的价值导向与行刑观的更新
