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以美国、瑞士等为代表的发达国家主张，应将知识产权列入多边谈判的议题。美国代表甚至提出，如果不将知识产权作为新议题，美国将拒绝参加第八轮谈判。另外，发达国家还主张，应制订保护所有知识产权的标准，并且必须通过世贸组织的争端解决机制对知识产权进行保护。
而以印度、巴西、埃及、阿根廷和南斯拉夫为代表的发展中国家认为，保护知识产权是世界知识产权组织的任务；应当把制止假冒商品贸易与广泛的知识产权保护区别开来。发展中国家担心，保护知识产权会构成对合法贸易的障碍；强化保护知识产权有利于跨国公司的垄断、提高药品和食品的价格，从而对公众的福利产生不利的影响。
直到1986年乌拉圭回合谈判正式开始前，各国还没有就是否将知识产权纳入谈判议题达成一致意见。由此可见，从政治和技术的角度看，知识产权问题是乌拉圭回合谈判中最困难的议题之一。但1986年9月发起乌拉圭回合谈判的部长宣言决定，关贸总协定缔约方应谈判达成一项多边协议，确定知识产权保护的原则和规则，以促进知识产权的发展，并且使知识产权执法程序不至于成为不公平的贸易障碍。
从谈判的整个情况看，双方争议的主要内容是：
（1）保护的标准
最困难的一个问题是规则应如何制定，即如果通过一个协议，确定保护知识产权的实质性标准，关贸总协定缔约方是否能够接受。一些发展中国家担心，制定知识产权的新标准，将意味着知识产权所有人的利益凌驾于低收入国家的社会和发展需要之上。
（2）停止单边制裁
多年来，一些发达国家，特别是美国，对所谓的侵犯知识产权严重的东南亚、拉丁美洲和一些发达国家，常常威胁使用贸易报复。受到贸易报复威胁的国家认为，如果要他们在知识产权协议上签字，采取单边制裁的发达国家就必须放弃使用单边贸易制裁以解决知识产权问题。他们希望确保知识产权协议所提供的多边解决争议的办法能够替代单边的办法，而不仅仅是单边办法的补充。
1990年，关贸总协定专家组作出一项裁决，认定美国有关专利侵权的规定是歧视性的，但美国拒绝修改这项法律。此案发生后，有关停止单边制裁的争论变得更加复杂。美国声称，只有在乌拉圭回合对知识产权提供了更加有力的保护后，美国才会根据关贸总协定的原则修改其法律。
（3）对限制性商业做法的限制
知识产权协议的谈判不是关于更加自由的贸易，而是关于更多的保护。专利、版权等知识产权向发明者或作者提供了一种临时的独占权，他人未经付费不得使用其发明或不得复制其作品。发展中国家要求大公司不得滥用其独占权，以致于损害发展中国家的利益。
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