内容合法是指行政行为有事实根据，证据确凿；符合法律规定，适用法律、法规正确，且符合法定目的。北大拒发两证的行为在这方面似乎存在某些瑕疵。就事实和证据而言，授予学位的事实、证据主要有三个方面，第一是考试成绩合不合格，第二是学位论文是否通过，第三是是否具备相应学位要求的知识和能力水平。而知识和能力又主要反映在学习成绩和论文质量上。这方面的基本证据就是学生学习成绩表和论文答辩委员会的答辩决议。学位委员会对此的审查主要应是形式和程序性的，如审查学习成绩表的成绩是否有假，论文答辩委员会的组成是不是合法，其成员是否都具备资格，有没有循私舞弊的现象，答辩的程序是否有问题等。如果在这些方面都没有问题，学位委员会对一篇已经答辩委员会通过的论文加以否定在证据上就有所欠缺。
就适用法律、法规而言，教育部的规章规定毕业证和学位证书的颁发是可分的，而北大规定颁发毕业证要以取得学位证书为前提，两证不可分，这显然与教育部的规章有抵触。至于学位的授予，《
学位条例》第
１０条规定，应以学位委员会全体成员过半数通过。但在学位委员会开会时，往往并非学位委员会全体成员出席。在非全体成员出席的情况下，对于是否授予某学生学位，如已有全体成员过半数通过，自然可授学位，在不到半数时，则应征求未出席委员的意见，以最后确定其是否过半数。否则，即可能有违法律规定。就刘燕文案而言，校学位委员会有委员２１人，出席１６人，６人同意授刘学位，不到半数。但如果未出席的５人到会，并都同意授刘学位，同意票即可过半数。当然，这种可能性很小很小。然而，可能性无论多小，但毕竟存在。
程序合法是指行政行为的方式、步骤、顺序、时限等符合法律的规定 。就方式而言，根据行政法的理论，行政主体作出行政行为，特别是作出不利行为，应向行政相对人说明理由，为相对人提供陈述和申辩的机会，对于最后作出的行政决定，通常应为行政相对人提供救济的途径。就本案而言，校方决定不授予刘学位，自然应听听刘的意见，如刘的意见有道理，应另找有关专家复审其论文，甚至重新组织答辩。当然，这些在我国还只是法理，成文法律对此尚未加以明确规定（尽管完全应该规定）。因此，北大现在没有这样做还难以说它违法，只是不合理而已。
