我需要支付违约赔偿吗

06年3月3日我与**学院签订了《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，其备注栏只写了“需身体健康，报到时持派遣证、学位证、毕业证”。06年6月28日我硕士研究生毕业，去了**学院报到并上班，到现在已经2年多了，学院一直没有与我们签《劳动合同》（不知是不是有编制的单位不用签）。我签的是教辅岗位，根据《**学院教职工继续教育管理办法》第二条“本管理办法适用于我院所有在职在岗教职工”、第三条“本管理办法所指的在职攻读学位是指在职攻读硕士以上学位”和第九条“硕士研究生工作满两年后可申请报考定向于我院的博士研究生”，我认为自己也可享有在职读博的权利，便于07年12月向学院提出参加08年博士入学考试并在职读博的申请，系里表示可以保留人事档案但须全脱产读博，并要求我在申请书上填“全脱产”，然后系书记在申请书上签字盖章，但学院人事处拒签，要求必须在职读博，或者与学院脱离人事关系全脱产读博。