出国劳务费的问题

我朋友2007年11月国内公司外派到非洲，当时合同签的是工种领班，合同期为一年，2009年1月14日回国，在国外期间以领班身份代表项目部领了一些工具，项目上并没有指定的地方存放这些工具，造成工具不断丢失，在我朋友回国前一天项目上跟他下了罚款单，我朋友当时为了回国只好违心的签了字（因为他们的工资在国内发，他们说他不签字就不给回过他机票），回国后我朋友的公司从他的劳务费中扣去该笔罚款共12000多元，我朋友想通过法律要回这笔钱，起诉到法院，对方也提起反诉，听主审法官说弄不好我朋友还得给公司找钱，因为他已经签字确认罚款，这些工具采购价加上运到国外的运费恐怕价格会很高，请问我朋友怎样才能维护自己的合法权益？