摩托车违章处理的疑问

前几天骑摩托车被查，交警部门把我交给公安部门处理，怀疑我涉嫌盗抢车辆。这我理解，因为我的车是买的2手车，无牌照，行车证，我本身没有摩托车驾驶证。这是不是属于无证驾驶？我纳闷的是公安部门查出我有C1驾驶证，把我汽车驾驶证的扣了，12分全记。为什么我骑摩托车违章，要扣我汽车驾驶证呢？学汽车驾驶证的时候没有关于一点摩托车驾驶的培训，两者根本挂不上钩啊。要说我无证驾驶的话，那就没理由扣我汽车驾驶证了啊。后来有位警官给我说我这是证驾不符，那就不算是无证驾驶了吧？为什么还要按照无证驾驶来处理呢？扣车扣分学习加罚款。我询问了很多司机，朋友。他们都说不该扣我C1驾驶证。这不合理。请帮忙回答下。